روش‌‌های طبقه‌‌بندی فایتوپلاسماها

غایب زمهریر, مریم

doi:10.22108/tbj.2021.130967.1182

تعداد نشریات	43
تعداد شماره‌ها	1,686
تعداد مقالات	13,791
تعداد مشاهده مقاله	32,395,426
تعداد دریافت فایل اصل مقاله	12,794,980

روش‌‌های طبقه‌‌بندی فایتوپلاسماها

تاکسونومی و بیوسیستماتیک

مقاله 3، دوره 13، شماره 49، دی 1400، صفحه 11-28 اصل مقاله (1.32 M)

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

شناسه دیجیتال (DOI): 10.22108/tbj.2021.130967.1182

نویسنده

مریم غایب زمهریر^*

دانشیار بخش تحقیقات بیماری‌‌شناسی گیاهان، مؤسسۀ تحقیقات گیاه‌‌پزشکی کشور، تهران، ایران

چکیده

فایتوپلاسماها پروکاریوت‌های تخصص‌یافته و انگل اجباری بافت آبکش گیاه و حشرات ناقل هستند. از آنجایی که این موجودات در شرایط آزمایشگاهی کشت نمی‌‌شوند، امکان استفاده از بسیاری از آزمون‌‌های مرسوم فنوتیپی که برای تاکسونومی مالیکوت‌‌های کشت‌پذیر به‌‌کار می‌‌رود، برای فایتوپلاسماها وجود ندارد. این امر اهمیت ویژگی‌‌های مولکولی و فیلوژنتیکی را نسبت ‌‌به خصوصیات فنوتیپی در تعیین موقعیت تاکسونومیک فایتوپلاسماها نشان می‌‌دهد. در دهة گذشته روش‌‌هایی برپایة بیولوژی و ژنتیک مولکولی، مانند مقایسة توالی نوکلئوتیدی بخشی از RNA ریبوزومی، این امکان را فراهم کرده است که روابط تکاملی و فیلوژنی بین جدایه‌‌های مختلف فایتوپلاسماها با یکدیگر و با سایر پروکاریوت‌‌ها دقیق‌‌تر مشخص شود. مقایسة توالی نوکلئوتیدی بخشی از ژن S rRNA16 یا ناحیة بین ژنی S16- S23 و tRNA-Ile هنوز برای آنالیز تعداد زیادی از فایتوپلاسماهای ناشناخته (در مقیاس وسیع) استفاده می‌‌شود. گروه‌‌بندی زیرخوشه با استفاده از مناطق کمتر محافظت‌‌شده، مانند ژن کدکنندة پروتئین ریبوزومی و ناحیة بین ژن‌‌های S16 و S23، ژن هدف عمومیcpn60، ژن کدکنندة پروتئین SecA، ژن secY، ژن پروتئین ریبوزومی (rp) و ژن tuf انجام می‌‌شود.

کلیدواژه‌ها

فایتوپلاسما؛ طبقه‌‌بندی؛ S rRNA16

اصل مقاله

مقدمه

فایتوپلاسماها، پروکاریوت‌‌های بدون دیوارة سلولی هستند که تنها در بافت زندة میزبان‌‌های گیاهی و حشرات ناقل خود رشد می‌‌کنند و در سال ۱۹۶۷ توسط دانشمندان کشف و به نام ارگانیسم‌های شبیه‌‌مایکوپلاسما نامیده شدند. امکان کشت فایتوپلاسماها در محیط آزمایشگاه وجود ندارد و همین مسئله باعث محدودشدن اطلاعات دربارۀ آنها شده است؛ اما با این وجود، اخیراً در مرحلۀ آزمایشگاهی، رشد فایتوپلاسما در محیط کشت مصنوعی اثبات شده است (Contaldo et al., 2016). این پروکاریوت‌‌های بیمارگر گیاهان، برخلاف باکتری‌‌ها بدون دیوارة سلولی هستند (Kuske and Kirkpatrick, 1992; Toth et al., 1994; Schweigkofler, 2008). عامل بیماری‌‌های مهمی ازجمله جاروک لیموترش (Bove et al., 2000)، جاروک بادام (Salehi et al., 2006; Ghayeb Zmaharir, 2014)، جاروک یونجه (Esmailzadeh- Hosseini, 2016)، زردی و زوال انگور (Ghayeb Zamharir et al., 2017)، گل‌‌سبز (فیلودی) کنجد (Salehi et al., 2016)، جوانه‌‌بزرگی گوجه فرنگی (Jamshidi et al., 2014)، زردی هلو (Zirak et al., 2010; Ghayeb Zamharir, 2014)، زردآلو (Salehi et al., 2018) و خرما (Ghayeb Zamharir and Eslahi, 2019)، بیماری‌‌های فایتوپلاسمایی پسته (Ghayeb Zamharir, 2016) و چند بیماری دیگر که از کشورمان گزارش شده، همگی فایتوپلاسمایی است. عامل تعدادی از این بیماری‌‌ها متفاوت است با آنچه در سایر نقاط دنیا گزارش شده است. یکی از دلایل این تنوع ممکن است جغرافیای ایران باشد؛ زیرا ازنظر اقلیمی و ژئومورفولوژیکی یکی از ناهمگن‌‌ترین مناطق آسیا است و این موضوع منجر به تنوع گیاهان ایران شده است (Saberamoli et al., 2021; Bagheri et al., 2021; Mehrnia et al., 2021).

طبقه‌‌بندی این موجودات تنها براساس یک ویژگی بیولوژیک، یعنی فقدان دیوارة سلولی، کافی نیست و ممکن است گمراه‌‌کننده باشد؛ برای مثال Thermoplasma acidophilum پروکارویوتی فاقد دیوارة سلولی است و در ابتدا در ردۀ مالیکیوت‌‌ها قرار داشت؛ اما مطالعات مولکولی و بیوشیمیایی تکمیلی نشان داد این موجود به قلمروی آرکه‌‌آ‌‌ یا باکتری‌‌های باستانی (Archaea) تعلق دارد (Lim and sears, 1989).

موجودات زنده در سه قلمروی باکتری‌‌های حقیقی (Eubacteria)، آرکه‌‌آها و یوکاریوت‌‌ها (Eucarya) قرار گرفته‌‌اند که دو قلمروی آن (باکتری‌‌ها و آرکه‌‌آ) متعلق به پروکاریوت‌‌ها است (Woese et al., 1987). در سال 2015 موجودات زنده به دو سلسلۀ پروکاریوت‌‌ها و یوکاریوت‌‌ها تقسیم شد (Ruggiero et al., 2015). فایتوپلاسماها در قلمروی باکتری‌‌ها (Bacteria)، شاخة تنریکیوت‌‌ها (Tenericutes)، ردة مالیکیوت‌‌ها (Mollicutes)، راستة آکوله‌‌پلاسماتالس (Acholeplasmatales) و خانوادة آکوله‌‌پلاسماتاسه (Acholeplasmataceae) قرار دارند (Schweigkofler, 2008; Ruggiero et al., 2015; Perez-López et al., 2016; Zhao and Davis, 2016).

گروه‌‌بندی فایتوپلاسماها

در دهه‌‌های 1980 و 1990 طبقه‌‌بندی فایتوپلاسماها با تولید آنتی‌‌بادی‌‌های تک‌‌دودمانی و چنددودمانی انجام می‌‌شد. به‌‌تدریج، با تهیة نشانگر DNA مخصوص فایتوپلاسماها، انجام آنالیزهای RFLP (Restriction Fragment Leght Polymorphism) و هیبریداسیون DNA-DNA، روش تشخیص فایتوپلاسماها دقیق‌‌تر شد و چند خوشه (کلاستر (Cluster)) و زیرخوشه (زیرکلاستر (Subcluster)) مجزای ژنومیکی از فایتوپلاسماها (مثل خوشۀ زردی مینا با سه زیرخوشه و خوشۀ بیماری X هلو با هفت زیرخوشه) معرفی شد. در دهة گذشته، روش‌‌هایی برپایة بیولوژی و ژنتیک مولکولی، مانند مقایسة توالی نوکلئوتیدی بخشی از RNA ریبوزومی، این امکان را فراهم کرده است که نخست، ارتباط بین علائم بیماری و عامل یا عوامل بیماری به‌‌طور دقیق‌‌تری تعیین شود و سپس روابط تکاملی و فیلوژنی بین جدایه‌‌های مختلف فایتوپلاسماها با یکدیگر و با سایر پروکاریوت‌‌ها واقع‌‌بینانه‌‌ترمشخص شود؛ اما بیشترین پیشرفت در این زمینه با مقایسة توالی نوکلئوتیدی بخشی از ژن S rRNA16 یا ناحیة بین ژنی S16- S23 و tRNA-Ile انجام شده است (Lim and Sears, 1989). این روش هنوز برای آنالیز تعداد زیادی از فایتوپلاسماهای ناشناخته (در مقیاس وسیع) استفاده می‌‌شود. گروه‌‌بندی دقیق‌‌تر زیرخوشه‌‌ها با استفاده از مناطق کمتر محافظت‌‌شده، مانند ژن کدکنندة پروتئین ریبوزومی و ناحیۀ بین ژن‌‌های S16- S23 و tRNA-Ile انجام می‌‌شود.

طبقه‌‌بندی فایتوپلاسماها براساس ژن S rRNA16

در پژوهش‌‌های جدید، طبقه‌‌بندی فایتوپلاسماها براساس مقایسة توالی ژن S rRNA16 صورت می‌‌گیرد (Bertaccini et al., 2014; Zhao and Davis 2016). آنالیزهای RFLP (هضم فرآورده‌‌های حاصل از انجام واکنش زنجیره‌‌ای پلی‌‌مراز روی ژن S rRNA16) با استفاده از آنزیم‌‌های برشی خاص، در فایتوپلاسماهای مختلف نقوش متفاوتی را تشکیل می‌‌دهد که آنها را از یکدیگر متمایز می‌‌سازد. ثابت شده است این روش، ساده، مطمئن و کاربردی است (Bertaccini et al., 2014).

بر‌‌اساس آنالیز RFLP روی فرآورده‌‌های حاصل از انجام واکنش زنجیره‌‌ای پلی‌‌مراز ‌‌روی ژن S rDNA16 توسط Lee و همکاران (1992)، 10 خوشه و 15 زیرخوشه برای فایتوپلاسماها تعیین شد. درحال حاضر، فایتوپلاسماها به 34 گروه (Zhao and Davis, 2016) و 46 جنس کاندید تقسیم شده‌‌اند که اسامی این جنس‌‌ها در جدول 1 آورده شده است.

جدول 1- فهرست گونه‌‌های فایتوپلاسما (Candidatus Phytoplasma) که تاکنون معرفی شده‌‌اند.

منبع	گروه	نام بیماری	نام گونه	ردیف
Lee et al., 2004	16SrI-B	aster yellows and related diseases	*Ca.* P. asteris	1
Arocha et al., 2007	16SrI-B	‘hoja de perejil’ disease in Bolivia.	*Ca.* P. lycopersici	2
Zreik et al., 1995	16SrII-B	witches'-broom disease of lime	*Ca.* P. aurantifolia	3
White et al., 1998	16SrII-D	dieback, yellow crinkle and mosaic diseases of papaya,	*Ca.* P. australasia	4
Davis et al., 2013	16SrIII	Peach X-disease	Ca. P. pruni	5
IRPCM (2004)	16SrIV-B	lethal yellowing of coconut	Ca P.palmae	6
IRPCM (2004)	16SrIV-D	lethal yellowing-type disease (LYD) of coconut (Cocos nucifera L.) in Tanzaniae	Ca. P.cocostanzaniae	7
Lee et al., 2004	16SrV-A	elm yellows	*Ca.* P. ulmi.	8
Jung et al., 2003	16SrV-B	jujube witches'-broom disease	*Ca.* P. ziziphi	9
Marzorati et al., 2006	16SrV-C	in Scaphoideus titanus, the insect vector of flavescence doree in Vitis vinifera.	*Ca.* P. vitis	10
Malembic-Maher et al., 2011	16SrV-E	blackberry witches’ broom	Ca. P.rubi	11
Win et al., 2013	16SrV-G	Balanites triflora witches’ broom	Ca. P. balanitae	12
Hiruki and Wang, 2004	16SrVI-A	Clover proliferation	*Ca.* P. trifolii	13
Davis et al., 2012	16SrVI-B	passion fruit witches’-broom	Ca. P.sudamericanum	14
Griffiths et al., 1999	16SrVII	ash yellows and lilac witches'-broom	*Ca.* P. fraxini	15
Davis et al., 2017	16SrVIII	witches’ broom disease of loofah	Ca. P. luffae	16
Verdin et al., 2003	16SrIX-B	lethal disease of almond trees in Lebanon and Iran.	*Ca.* P. phoenicium	17
Seemüller and Schneider, 2004	16SrX-A	apple proliferation	*Ca.* P. mali.	18
Seemüller and Schneider, 2004.	16SrX-B	European stone fruit yellows	*Ca.* P. prunorum	19
Seemüller and Schneider, 2004	16SrX-C	pear decline	*Ca.* P. pyri.	20
Marcone et al., 2004	16SrX-D	spartium witches'-broom	*Ca.* P. spartii	21
Jung et al., 2003	16SrXI-A	rice yellow dwarf disease	*Ca.* P. oryzae	22
Safarova et al., 2016	16SrXI-B		Ca. P. cirsii	23
Firrao et al., 2005	16SrXII-A	stolbur disease in wild and cultivated herbaceous and woody plants	*Ca.* P. solani	24
Davis et al., 1997	16SrXII-B	Australian grapevine yellows, papaya dieback, strawberry lethal yellows (SLY), strawberry green petal and pumpkin yellow leaf curl.	Ca. P. australiense	25
Martini et al., 2012	16SrXII-C	bindweed yellows	Ca. P. convolvuli	26
Sawayanagi et al., 1999	16SrXII-D	Japanese Hydrangea phyllody	*Ca.* P. japonicum	27
Valiunas et al., 2006	16SrXII-E	yellows diseased strawberry, Fragaria X ananassa	*Ca.* P. fragariae	28
Davis et al., 2016	16SrXIII	Mexican periwinkle virescence (MPV) phytoplasma	Ca. P.hispanicum	29
Marcone et al., 2004	16SrXIV	Bermuda grass white leaf disease	*Ca.* P. cynodontis	30
Montano et al., 2001	16SrXV	hibiscus witches' broom disease	*Ca.* P. brasiliense	31
Arocha et al., 2005	16SrXVI	sugarcane in Cuba	*Ca.* P. graminis	32
Arocha et al., 2005	16SrXVII	papaya in Cuba	*Ca.* P. caricae	33
Lee et al., 2006	16Sr XVIII-A	potato purple top wilt disease complex.	Ca. P. americanum	34
Jung et al., 2002	16SrXIX	chestnut witches' broom disease.	*Ca.* P. castaneae	35
Marcone et al., 2004	16SrXX	buckthorn witches’-broom	"Ca. P. rhamni"	36
Schneider et al., 2005	16SrXXI	Pinus silvestris and Pinus halepensis shoot proliferation	*Ca.* P. pini	37
Harrison et al., 2014	16SrXXII	lethal yellowing-type disease (LYD) of coconut (Cocos nucifera L.) in Mozambique	Ca. P. palmicola	38
IRPCM (2004)	16SrXXII	lethal yellowing-type disease (LYD) of coconut (Cocos nucifera L.) in Nigeriae	Ca. Phytoplasma cocosnigeriae	39
Al-Saady et al., 2008	16SrXXIX	witches'-broom of Cassia italica (Mill.) Spreng. in Oman	*Ca.* P. omanense	40
				41
Zhao et al., 2009	16SrXXX	witches’-broom-diseased salt cedar (Tamarix chinensis Lour.).	*Ca.* P. tamaricis	42
Lee et al., 2011	16SrXXXI	Soybean stunt phytoplasma	Ca. P. costaricanum	43
Nejat et al., 2013	16SrXXXII	Malaysian periwinkle virescence	‘Ca. P. malaysianum	44
Marcone et al., 2004	16Sr XXXIII-A	allocasuarina yellows diseases	Ca. P. allocasuarinae	45
Naderali et al., 2017 and 2018	16SrXXXVI	foxtail palm yellow decline	Candidatus Phytoplasma wodyetiae’	46

طبقه‌‌بندی فایتوپلاسماها براساس ناحیة بین ژنی S16 و S23

ناحیة بین ژنی rRNA S23- S16 فایتوپلاسماها که حدود 232 جفت باز (bp) است، دارای قسمتی است که tRNAIle (tRNA مربوط به انتقال اسیدآمینۀ ایزولوسین و بسیار محافظت‌‌شده است.) را کد می‌‌کند؛ با ‌‌این حال توالی جانبی که از tDNAIle به S rDNA16 و بهS rDNA 23 امتداد دارد، در میان فایتوپلاسماهای مختلف بسیار متنوع است. به‌‌دلیل محدود‌‌بودن اطلاعات موجود در توالی به‌‌نسبت کوتاه، ناحیة بین ژنی rRNA S16- S23، تمام زیرگروههای Sr16 را متمایز نمی‌‌کند؛ به عبارت دیگر چندین‌‌بار ثابت شده است ترکیب بررسی‌‌های ژنS rRNA 16به‌‌علاوة توالی ناحیة بین ژنی S rRNA23- S16 برای تمایز انواع جدایه‌‌های بین یک زیرگروه Sr16 مناسب است (Griffiths et al., 1999; Padovan et al., 2000; Marcone et al., 2001; Andersen et al., 2006).

طبقه‌‌بندی فایتوپلاسماها براساس ژن tuf

ژن tuf نیز برای طبقه‌‌بندی فایتوپلاسماها استفاده می‌‌شود. این ژن، فاکتور طویل‌‌شدن Tu (EF-Tu) را در خلال فرآیند تولید پروتئین کد می‌‌کند و نقشی محوری در جریان ترجمة ژن‌‌ها بر عهده دارد. با بررسی توالی EF-Tu ثابت شده است که این ژن نیز در مطالعات فیلوژنتیک کارآمد و نتایج حاصل از بررسی این فاکتور با نتایج مطالعات S rRNA16 قیاس‌‌شدنی است (Schneider et al.,1997). توالی ژن tuf برای دو استرین از فایتوپلاسمای زردی مینا و فایتوپلاسمای عامل بیماری X هلو تعیین شده است. مطالعات ساترن‌‌بلات نشان می‌‌دهد این ژن به‌‌صورت تک‌‌نسخه در فایتوپلاسماها وجود دارد (Schneider et al., 1997). تشابه توالی نوکلئوتیدی ژن tuf در میان گروه زردی مینا، بیماری X هلو و جوانه‌‌بزرگی بین 8/87 تا 97 درصد است (Schneider et al., 1997; Marcone et al., 2000). گروهها و زیرگروههای فایتوپلاسمایی براساس هضم آنزیمی این ناحیه با چند آنزیم تفکیک می‌‌شود (Schneider et al., 1997; Marcone et al., 2000). کارایی این روش در تفکیک فایتوپلاسماها کمتر از ژن 16S rRNA است؛ ولی در برخی مواقع ژن tuf برای تفکیک استرین‌‌های مختلف اکولوژیکی در میان زیرگروههای 16S rRNA مفید بوده است (Langer and Maixner, 2004)؛ برای مثال چندین استرین در بین زیرگروههای 16XII-A و 16XII-B با آنالیز توالی ژن tuf تشخیص داده شده است (Iriti et al., 2008).

طبقه‌‌بندی فایتوپلاسماها براساس ژن پروتئین ریبوزومی

ژن پروتئین ریبوزومی (rplV (rpl22) و rpsC (rps3)) نسبت به ژن‌‌های S rRNA16 متنوع‌‌تر است و ویژگی‌‌های فیلوژنتیکی مفیدی دارد؛ درنتیجه قدرت تمایز در تعیین استرین‌‌های مختلف فایتوپلاسمایی را در گروهها و زیرگروههای مختلف 16S rRNA تقویت می‌‌کند (Martini et al., 2002; Lee et al., 2004). مطالعات اخیر روی تمایز جدایه‌‌های فایتوپلاسمایی در گروههایSrI 16 و SrV 16 نشان می‌‌دهد بررسی ژن پروتئین ریبوزومی نه‌‌تنها به‌‌آسانی برخی زیرگروههای فایتوپلاسمایی متعلق به گروههای Sr 16 را ترسیم می‌‌کند، جدایه‌‌های مختلف در بین یک زیرگروه را نیز از یکدیگر متمایز می‌‌کند (Martini et al., 2002; Lee et al., 2004).

گاهی اعضای زیرگروهها ازنظر ویژگی‌‌های بیولوژیکی و اکولوژیکی از یکدیگر متمایز می‌‌شود؛ برای مثال فایتوپلاسمای عامل سرکپه‌‌ای ذرت (maize bushy stunt (MBS))، عضوی از زیر‌‌گروه SrI-B16 طبقه‌‌بندی شده است؛ در حالی که ازنظر دامنة محدود میزبان گیاهی و ناقلین اختصاصی، از سایر اعضای گروه SrI16 متمایز است و زیرگروه متمایزی را ازنظر پروتئین ریبوزومی نمایش می‌‌دهد؛ به‌‌علاوه زیرگروه SrV-C16 براساس آنالیزهای RFLP با چندین آنزیم برشی کلیدی، به چند زیرگروه براساس پروتئین ریبوزومی تقسیم می‌‌شود (Martini et al., 2002; Lee et al., 2004).

طبقه‌‌بندی فایتوپلاسماها براساس ژن SecY

ژن secY، مارکر مولکولی دیگری برای تمایز ظریف بین جدایه‌‌های فایتوپلاسمایی است. تنوع توالی این ژن در بین جدایه‌‌های فایتوپلاسمایی شبیه به پروتئین ریبوزومی است. میانگین تشابه توالی بین توالی‌‌های ژن secY در دو گروه Sr16 فایتوپلاسمایی بین 4/57 تا 76 درصد متغیر است. زیرگروههای ترسیم‌‌شده براساس آنالیزهای RFLP توالی ژن secY از دو گروه SrI16 و SrV16به‌‌طور معمول شباهت دارد به آنچه برای ژن پروتئین ریبوزومی طراحی شده است (Lee et al., 2004; Martini et al., 2007)؛ با ‌‌این حال قدرت تمایز ژن secY به‌‌وضوح از ژن پروتئین ریبوزومی بهتر است. این ژن نیز مانند ژن پروتئین ریبوزومی گزینة مناسبی برای طبقه‌‌بندی جدایه‌‌های فایتوپلاسمایی در سطح زیرگروه است.

طبقه‌‌بندی فایتوپلاسماها براساس ژن SecA و سایر ژن‌‌ها

ژن کدکنندة پروتئین SecA اخیراً برای طبقه‌‌بندی فایتوپلاسماها استفاده شده است. قسمتی از توالی ژن یادشده که حدود 480 جفت باز است، با استفاده از روش واکنش زنجیره‌‌ای پلی‌‌مراز از فایتوپلاسماهای مختلف متعلق به گروه SrXII16 تکثیر شد. تشابه توالی‌‌ها بین هر دو گروه بین 7/67 تا 4/84 درصد بود. قدرت تفکیک ژن SecA در جایگاه عامل فیلوژنی برای تمایز فایتوپلاسماها شبیه به ‌‌ژن‌‌های پروتئین ریبوزومی و secY است (Shao et al., 2006).

ژن nusA (Shao et al., 2006) و ژن‌‌های فولایت (Folate)، برای مثال ژن‌‌های folP و folk (Davis et al., 2003)، برای تمایز جدایه‌‌های فایتوپلاسمایی گروههای SrI16 و SrXII16 به کار رفته و ثابت شده که این ژن‌‌ها برای تمایز فایتوپلاسماها مفید است. چندین ژن، شامل dnaA (پروتئین آغازگر رونویسی کروموزومی را کد می‌‌کند)، polC (زیرواحد آلفای آنزیم DNA پلی‌‌مراز III را کد می‌‌کند) و dnaE (زیرواحد آلفای ژن DNA پلیمراز III را کد می‌‌کند) در جایگاه ژن‌‌های نامزد برای طبقه‌‌بندی فایتوپلاسماها مطرح است. تنوع توالی این ژن‌‌ها شبیه یا بیشتر از ژن secY است (Shao et al., 2006).

سیستم طبقه‌‌بندی پلی‌‌فازی

مطالعات فیلوژنتیکی با استفاده از سه ژن S rRNA16، ناحیة بین ژنی rRNA S23- S16 و ژن tuf در فایتوپلاسماها، نتایج یکسانی را در بر داشته است (IRPCM, 2004). اگرچه روابط خویشاوندی بین طبقه‌‌بندی فیلوژنی فایتوپلاسماها و طبقه‌‌بندی مبتنی‌‌بر بیماری‌‌زایی و سایر خصوصیات بیولوژیکی فایتوپلاسماها هنوز به‌‌‌‌وضوح مشخص نشده است، به‌‌طور وسیعی در تمایز و طبقه‌‌بندی فایتوپلاسماها استفاده می‌‌شود. ژن S rRNA16 به قدری متنوع نیست که فایتوپلاسماهایی را که ازنظر میزبان و ناقل اختصاصی هستند، از یکدیگر تفکیک کند؛ همچنین ناحیة بین ژنی rRNA S23 و rRNA S16 قطعة کوچکی است که حتی از آن برای آزمایش‌‌های روزمرة تشخیص، طبقه‌‌بندی فایتوپلاسماها و آنالیزهای RFLP استفاده نمی‌‌شود.

سیستم تاکسونومی پلی‌‌فازی براساس خصوصیات فیلوژنتیکی و فنوتیپی در کمیتة بین‌‌المللی سیستماتیک باکتری‌‌شناسی و زیرکمیتۀ تاکسونومی مالیکیوت‌‌ها ارائه شده است (IRPCM, 2004). توافق بر این شده است که توالی کامل ژنوم باکتریایی، اساس فیلوژنی و تاکسونومی ‌‌باشد؛ بر این اساس نام‌‌گذاری باید منطبق بر اطلاعات ژنومی و انعکاس‌‌دهندة آن باشد. به‌‌دلیل دردسترس‌‌نبودن توالی‌‌های کامل ژنومی، تاکسونومی فایتوپلاسماها باید بر ترکیبی از خصوصیات فنوتیپی و فیلوژنی‌‌ تکیه داشته باشد. علاوه‌‌بر ژن‌‌های S rRNA16، از ژن‌‌های پروتئین ریبوزومی rpl22 و rps3 و ناحیة بین rRNA S23 و rRNA S16 نیز برای طبقه‌‌بندی فایتوپلاسماها استفاده شده است که ناحیة بین rRNA S23 و rRNA S16 به‌‌طور چشمگیری از ژن S rRNA16 متنوع‌‌تر است.

تاکسونومی براساس الگوی مجازی RFLP از ناحیةS rDNA 16

به پشتوانة پیشرفت‌‌های تکنولوژیکی اخیر، روش‌‌های جدیدی برای طبقه‌‌بندی فایتوپلاسماها ارائه شده است. درحال حاضر، هزینة تعیین توالی نوکلئوتیدی کاهش پیدا کرده و روش‌‌های بیوانفورماتیک جدید برای تجزیة داده‌‌های نوکلئوتیدی توسعه یافته است. تا سال 2018، توالی نوکلئوتیدی ژن S rRNA16 بیش از18000 فایتوپلاسما در مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی (National Center for Biotechnology Information (NCBI)) قرار داده شده بود.

دردسترس‌‌بودن داده‌‌های مربوط به توالی نوکلئوتیدی قطعه‌‌هایی از ژنوم فایتوپلاسماها با کیفیت زیاد، این امکان را فراهم کرد تا الگوی RFLP مجازی برای شناسایی و طبقه‌‌بندی فایتوپلاسماهای مختلف تهیه شود. این الگوی مجازی، بررسی‌‌های RFLP را براساس تخمین کامپیوتری انجام می‌‌دهد، منجر به پیدایش گروههای جدید برای فایتوپلاسما شده و به‌‌طور مشخص طبقه‌‌بندی فایتوپلاسماها براساس توالی ژن S rDNA16 را بهبود و توسعه داده است. اندازة قطعات استفاده‌‌شده در این روش، به‌‌طور تقریبی 1250 جفت باز و مربوط به ناحیة تکثیرشده با آغازگرهای عمومی R16F2n/R16R2 (Universal primers) است (Wei et al., 2007).

نرم‌‌افزار iPhyClassifier برای بهبود و توسعة اثر و ظرفیت سیستم طبقه‌‌بندی مجازی فایتوپلاسماها براساس توالی ژن S rDNA16 تهیه شده است. این ابزار، آنالیزهای تشابه توالی را انجام می‌‌دهد، هضم آنزیمی آن را تخمین می‌‌زند و به دنبال آن الگوی قطعات حاصل از هضم آنزیمی (RFLP) را تهیه می‌‌کند. نرم‌‌افزار iPhyClassifier براساس محاسبة ضریب تشابه الگوی RFLP (RFLP pattern similarity coefficients) و نمرة تشابه توالی (Sequence similarity scores)، موقعیت تاکسونومیک گروه و زیرگروه تجربی S rDNA16 فایتوپلاسما را فوری پیشنهاد می‌‌کند و گونة پیشنهادی فایتوپلاسما (Candidatus Phytoplasma) تعیین می‌‌شود. از آنجایی که این ابزار تنها براساس اطلاعات توالی کار می‌‌کند، هر خطایی در توالی منجر به تشخیص اشتباه گروه یا زیرگروه مربوطه خواهد شد. این خطا ممکن است در حین انجام واکنش PCR، همسانه‌‌سازی در وکتور یا تعیین توالی قطعۀ همسانه‌‌سازی‌‌شده اتفاق بیفتد. برای تکرارپذیری و اطمینان از عملکرد این ابزار توصیه می‌‌شود حداقل، توالی قطعۀ تکثیرشده از دو نمونۀ مجزا (گیاه یا زنجرک) بررسی شود. اگر تنها یک نمونۀ آلوده دردسترس است، باید حداقل دو قطعۀ S rDNA16 همسانه‌‌سازی‌‌شدۀ حاصل از دو واکنش PCR مجزا بررسی شود. این ابزار به‌‌صورت اینترنتی ازطریق آدرس http://www.ba.ars.usda.gov/data/mppl/iPhyClassifier.html دردسترس است (شکل 1) (Zhao et al., 2009).

جدول 2- طبقه‌‌بندی فایتوپلاسماها براساس آنالیز RFLP ژن 16S rDNA (Zhao and Davis, 2016)

جدایه	16S rDNA گروه
	Aster yellows group (16SrI)
Aster yellows witches’-broom phytoplasma(AYWB) rrnA	I-A
Aster yellows witches’-broom phytoplasma (AYWB) rrnB	I-A
Onion yellows phytoplasma mild strain (OY-M) rrnA	I-B
Onion yellows phytoplasma mild strain(OY-M) rrnB Ca. Phytoplasma lycopersici	I-B
Ca. Phytoplasma asteris’	I-B
Clover phyllody phytoplasma strain CPh	I-C
Aster yellows phytoplasma strain PaWB	I-D
Blueberry stunt phytoplasma strain BBS3	I-E
Aster yellows phytoplasma strain ACLR-AY	I-F
	Peanut witches’ broom group (16SrII)
Peanut witches’-broom phytoplasma	II-A
Ca. Phytoplasma aurantifolia	II-B
Cactus witches’-broom phytoplasma	II-C
Ca. Phytoplasma australasiae	II-D
	X-disease group (16SrIII)
Ca. Phytoplasma pruni	III-A
Clover yellow edge phytoplasma	III-B
	Coconut lethal yellows group (16SrIV)
Ca Phytoplasma palmae (LYJ-C8)	IV-A
Phytoplasma sp. LfY5(PE65)-Oaxaca	IV-B
Ca. Phytoplasma cocostanzaniae	IV-D
	Elm yellows group (16SrV)
Ca. Phytoplasma ulmi	V-A
Ca. Phytoplasma ziziphi strain JWB-G1	V-B
Ca. Phytoplasma vitis	V-C
FD-D	V-D
Ca. Phytoplasma rubi	V-E
Ca. Phytoplasma balanitae	V-G
	Clover proliferation group (16SrVI)
Ca. Phytoplasma trifolii	VI-A
Ca. Phytoplasma sudamericanum	VI-B
	Ash yellows group (16SrVII)
Ca. Phytoplasma fraxini	VII-A
	Loofah witches’ broom group (16SrVIII)
Ca. Phytoplasma luffae	VIII-A
	Pigeon pea witches’ broom (16SrIX)
Pigeon pea witches’-broom phytoplasma	IX-A
Ca. Phytoplasma phoenicium	IX-B
Knautia arvensis phyllody, Picris echioides yellow, Periwinkle virescence	IX-C
Lactuca sativa phyllody, Echinops witches’-broom	IX-D
Juniper witches’-broom, Blueberry stunt	IX-E
Honduran Gliricidia little leaf	IX-F
chicory bushy stunt disease	IX-J
	Apple proliferation group (16SrX)
Ca. Phytoplasma mali	X-A
Ca. Phytoplasma prunorum	X-B
Ca. Phytoplasma pyri	X-C
Ca. Phytoplasma spartii	X-D
	Rice yellow dwarf group (16SrXI)
Ca. Phytoplasma oryzae	XI-A
Ca. Phytoplasma cirsii	XI-B
	Stolbur group (16SrXII)
Ca. Phytoplasma solani	XII-A
Ca. Phytoplasma australiense	XII-B
Ca. Phytoplasma convolvuli	XII-C
Ca. Phytoplasma japonicum	XII-D
Ca. Phytoplasma fragariae	XII-E
Potatoes disease	XII-I
	Mexican periwinkle virescence group
Ca. Phytoplasma hispanicum	XIII-A
	Bermudagrass white leaf group
Ca. Phytoplasma cynodontis	XIV-A
	Hibiscus witches'-broom group
Ca. Phytoplasma brasiliense	XV-A
	Sugarcane yellow leaf group
Ca. Phytoplasma graminis	XVI
	Papaya bunchy top group
Ca. Phytoplasma caricae	XVII-A
	American (TX+NE) potato purple top wilt group
Ca. Phytoplasma americanum	XVIII-A
	Japanese chestnut witches’-broom group
Ca. Phytoplasma castaneae	XIX-A
	Buckthorn witches’ broom group
Ca. Phytoplasma rhamni	XX-A
	Pine shoot proliferation group
Ca. Phytoplasma pini	XXI-A
	Nigerian coconut lethal decline (LDN) group
Ca. Phytoplasma palmicola	XXII-A
	Buckland Valley grapevine yellows group
Buckland valley grapevine yellows phytoplasma	XXIII-A
	Sorghum bunchy shoot group
Sorghum bunchy shoot phytoplasma	XXIV-A
	Weeping tea tree witches’- broom group
Weeping tea witches’-broom phytoplasma	XXV-A
	Mauritius sugar cane yellows D3T1 group
Sugar cane phytoplasma D3T1	XXVI-A
	Mauritius sugar cane yellows D3T2 group
Sugar cane phytoplasma D3T2	XXVII-A
Havana derbid phytoplasma	Havana derbid phytoplasma group 16SrXXVIII
Ca. Phytoplasma omanense	Cassia witches’ broom group 16SrXXIX
Ca. Phytoplasma tamaricis	Salt cedar witches’ broom group 16SrXXX
Ca. Phytoplasma malaysianum’	Soybean stunt phytoplasma group 16SrXXXI
Ca. Phytoplasma malaysianum’	Malaysian periwinkle virescence phytoplasma group 16SrXXXII
Ca. Phytoplasma allocasuarinae’	Allocasuarina phytoplasma group 16SrXXXIII

شکل 1- تصویر صفحۀ اول iPhyClassifier در شبکۀ اینترنت

طبقه‌‌بندی براساس RFLP مجازی ژن cpn60

ژن هدف عمومی cpn60، یک قطعۀ به‌‌طور تقریبی 550 جفت بازی است که به‌‌طور گسترده‌‌ای در مطالعۀ جمعیت‌‌های میکروبی استفاده می‌‌شود (Town et al., 2014) و درجایگاه بارکد مولکولی برای دامنۀ باکتری‌‌ها پیشنهاد شده است. اگرچه همة مالیکیوت‌‌ها این ژن را در ژنوم خود ندارند، این ژن در ژنوم همة فایتوپلاسماهای تعیین توالی‌‌شده و همۀ جدایه‌‌های تاکنون گزارش‌‌شده وجود دارد (Bai et al., 2006; Andersen et al., 2006; Kube et al., 2008; Tran-Nguyen et al., 2008; Oshima et al., 2013)؛ با این حال به نظر می‌‌رسد جدایه‌‌های متعلق به گروه سه (16SrIII) فاقد این ژن باشند که استفاده از این تکنیک را برای طبقه‌‌بندی فایتوپلاسماها محدود می‌‌کند؛ با این وجود روش‌‌های پیشرفتة امروزی برای استفاده از توالی cpn60 UT فایتوپلاسماها، این امکان را برای طبقه‌‌بندی از این ژن در طبقه‌‌بندی فایتوپلاسماها به گروهها و زیرگروههای اصلی فراهم آورده است. براساس RFLP مجازی قطعات تعیین توالی ژن cpn60 UT، 14 گروه اصلی و 25 گروه فرعی به شرح جدول زیر برای طبقه‌‌بندی جدایه‌‌های مختلف فایتوپلاسمایی تعیین شده است (شکل 2) (Perez-Lópeze et al., 2016).

شکل 2- تفکیک گروههای مختلف فایتوپلاسمایی و طبقه‌‌بندی با برش ژن 16S rDNA توسط آنزیم‌‌های MseI، RsaI و HinfI (Wei et al., 2007).

بعد از تعیین توالی ژن هدف cpn60 UT به‌‌منظور تعیین گروه و زیرگروه مربوط، آنالیزهای RFLP مجازی انجام خواهد شد. نمونه‌‌ای از این آنالیزها برای تفکیک جدایه‌‌های گروه یک در شکل 3 نشان داده شده است (Perez-Lópeze et al., 2016).

شکل 3- آنزیم‌‌های کلیدی برای تفکیک جدایه‌‌های مختلف فایتوپلاسمایی به زیرگروهها در گروه یک براساس ژن cpn60 UT (اندازة مارکر لدر یک کیلو باز ژن آزمایشگاهی (اینویتروژن) است.)

جدول 3- تعداد باندهای حاصل از RFLP توالی cpn60 UT در جدایه‌‌های رفرنس در گروههای مختلف فایتوپلاسمایی

نام‌‌گذاری فایتوپلاسماها

نام‌‌گذاری فایتوپلاسماها و بیماری‌‌های ناشی از آنها نظم خاصی ندارد. بیماری‌‌های فایتوپلاسمایی قبل از مشاهده یا شناسایی عامل آنها، نام‌‌گذاری می‌‌شوند. نام فایتوپلاسمای عامل بیماری، در بیشتر مواقع، شبیه نام بیماری‌‌ است که ایجاد می‌‌کند و آن نیز به‌‌طور معمول براساس نوع علائمی است که در اثر آن بیماری در گیاه بروز کرده است. این روش در بسیاری از مواقع گیج‌‌کننده و مشکل‌‌زا ‌‌است؛ زیرا خصوصیات بیولوژیک به‌‌تنهایی برای شناسایی مناسب نیست. گاهی یک فایتوپلاسما ممکن است عامل چند بیماری مختلف روی گیاهان گوناگون باشد و علائم مختلفی در میزبان‌‌های متفاوت ایجاد کند؛ همین‌‌طور ممکن است فایتوپلاسماهای گوناگون علائم مشابهی را در یک یا چند میزبان مختلف ایجاد کنند (Firrao et al., 2007; Schweigkofler, 2008)؛ بنابراین نام‌‌گذاری فایتوپلاسماها موقتی و دائم درحال تغییر است. پژوهشگران زمان و فعالیت بسیاری را برای نیل به سیستم صحیح نام‌‌گذاری فایتوپلاسماها و بیماری‌‌های ناشی از آنها لازم می‌‌دانند (Welliver, 1999; Bertaccini et al., 2014). موری و شلیفر (1994) پیشنهاد کردند واژة «Candidatus» قبل از نام علمی عوامل بیماری‌‌زای کشت‌‌نشدنی درج شود. این ‌‌امر ضمن حل موقت و علمی موضوع، شرایط ثبت مناسب تاکسون‌‌های بالقوه‌‌ای را فراهم کرد که برمبنای تعیین توالی نوکلئوتیدی بخشی از ژنوم آنها، شناسایی شده‌‌اند (Firrao et al., 2007; Lee et al., 1998).

نام‌‌گذاری جدایه‌‌های کشت‌‌نشدنی پروکاریوت‌‌ها به‌‌صورت «Candidatus» برمبنای داده‌‌های نوکلئوتیدی DNA، زیستگاه آنها و داده‌‌های متابولیکی است. در فایتوپلاسماها زیستگاه، همان میزبان محسوب می‌‌شود. هرچند فایتوپلاسماها در بدن حشرة ناقل خود نیز تکثیر می‌‌شوند و زندگی می‌‌کنند، فرض بر این است که آنها در میزبان گیاهی خود تکامل یافته‌‌اند ((Firrao et al., 2007؛ همچنین برمبنای پیشنهاد موری و شلیفر (1994) در توصیف گونه به‌‌‌‌صورت «Candidatus، باید توالی یک قطعه از توالی ژن srRNA 16 (بیش از 1200 جفت باز) آن گونه کمتر از 5/97 درصد شباهت داشته باشد با هر «Ca» که ازقبل توصیف شده است و توالی این ناحیه در بانک‌‌های اطلاعاتی عمومی ثبت شود تا در صورت لزوم درجایگاه مرجع از آن استفاده شود؛ همچنین باید فهرست توالی‌‌های الیگونوکلئوتیدی شاخص و منحصر به ‌‌فرد آن گونه ارائه شود. برمبنای پژوهش‌‌های زیادی که طی سال‌‌های اخیر انجام شده، مشخص شده است که بعضی جدایه‌‌ها به‌‌طور کامل به هم نزدیک و خویشاوند هستند؛ حتی اگر توالی S rDNA16 آنها کمتر از 5/97 درصد شبیه به هم نباشد (Firrao et al., 2007). به‌‌دلیل ماهیت بسیار حفاظت‌‌شدۀ ژن S rDNA16، بسیاری سویه‌‌های فایتوپلاسما ممکن است ازنظر بیولوژیکی یا اکولوژیکی متمایز باشند؛ ولی توالی S rDNA16 آنها کمتر از 5/97 درصد شبیه به هم نباشد و نیاز به نام‌‌گذاری جدید داشته باشند؛ پس به این منظور از ویژگی‌‌های بیولوژیکی منحصر به فرد دیگر مانند واکنش به آنتی‌‌بادی اختصاصی، دامنۀ میزبانی و ناقل اختصاصی و همچنین سایر معیارهای مولکولی (ژن‌‌ها) استفاده می‌‌شود (Seemüller and Schneider, 2004).

جمع‌‌بندی

فایتوپلاسماها، پروکاریوت‌‌های بدون دیوارة سلولی هستند و تنها در بافت زندة میزبان‌‌های گیاهی و جانوری خود رشد می‌‌کنند. بیمارگرهای گیاهی شبه‌‌مایکوپلاسما، به‌‌دلیل نداشتن دیوارة سلولی، در ردة مالیکیوت‌‌ها منظور شده‌‌اند. این بیمارگرها برای ادامة حیات و تأمین بسیاری از مواد لازم خود، با میزبان‌‌های گیاهی و جانوری سازگار شده‌‌اند. نام فایتوپلاسمای عامل بیماری در بیشتر مواقع شبیه نام بیماری است که ایجاد می‌‌کند و آن هم به‌‌طور معمول براساس نوع علائمی است که در اثر آن بیماری در گیاه بروز کرده است. در دهة گذشته روش‌‌هایی برپایة بیولوژی و ژنتیک مولکولی، مانند مقایسة توالی نوکلئوتیدی بخشی از RNA ریبوزومی، این امکان را فراهم آورده است که نخست، ارتباط بین علائم بیماری و عامل یا عوامل بیماری به‌‌طور دقیق‌‌تری تعیین شود و دوم، روابط تکاملی و فیلوژنتیکی بین جدایه‌‌های مختلف فایتوپلاسماها با یکدیگر و با سایر پروکاریوت‌‌ها واقع‌‌بینانه‌‌تر مشخص شود. تلاش‌‌هایی برای تشخیص و طبقه‌‌بندی فایتوپلاسماهای ناشناخته براساس ژن S rRNA16 یا ناحیة بین ژنی S16 و S23 انجام شده است. این روش هنوز برای آنالیز تعداد زیادی از فایتوپلاسماهای ناشناخته (در مقیاس وسیع) کاربردی است. گروه‌‌بندی دقیق‌‌تر زیرخوشه‌‌ها با استفاده از مناطق کمتر محافظت‌‌شده، مانند ژن کدکنندة پروتئین ریبوزومی و ناحیة بین ژن‌‌های S16 و S23، ژن هدف عمومیcpn60، ژن کدکنندة پروتئین SecA، ژن secY، ژن پروتئین ریبوزومی (rp) و ژن tuf انجام می‌‌گیرد.

مراجع

Andersen, M. T., Newcomb, R. D., Liefting, L. W., & Beever, R. E. )2006). Phylogenetic analysis of ‘Candidatus Phytoplasma australiense’ reveals distinct populations in New Zealand. Phytopathology, 96, 838–845.

Bai, X., Zhang, J., Ewing, A., Miller, S. A., Radek, A. J., Shevchenko, D. V., & Hogenhout, S. A. (2006). Living with genome instability: the adaptation of phytoplasmas to diverse environments of their insect and plant hosts. Journal of Bacteriology, 188, 3682–3696.

Bagheri, B., Yousefi, M., & Mirjalili, S. A. (2021). Life forms, endemism and medicinal potentials of the flora of the western part of the protected area of Tang-e Sayad in Chaharmahal Bakhtiari province. Journal of Taxonomy and Biosystematics, 13, 3-24.

Bertaccini, A., Duduk, B., Paltrinieri, S., & Contaldo, N. (2014). Phytoplasmas and phytoplasma diseases: A severe threat to agriculture. American Journal of Plant Sciences, 5, 1763-1788.

Bove, J. M., Danet, J. L., Bananej, K., Haasanzadeh, N., Taghizadeh, M., Salehi, M. and Garnier, M. (2000). Witches' broom disease of lime (WBDL) in Iran. In: Proceeding 14th Conference International Organization of Citrus Virology, Riverside, CA, 207-212.

Contaldo, N., Satta, E., Zambon, Y., Paltrnieri, S., Bertaccini, A., & Nicolasen, M. (2016). Development and evaluation of different complex media for phytoplasma isolation and growth. Journal of Microbiology Methods, 127, 105-110.

Davis, R. E., Jomantiene, R., Zhao, Y., & Dally, E. L. (2003). Folate biosynthesis pseudogenes, yfolP and yfolK, and an O-sialoglycoprotein endopeptidase gene homolog in the phytoplasma genome. DNA Cell Biology, 22, 697–706.

Esmailzadeh Hosseini, S. A., Khodakaramian, G., Salehi, M., & Bertaccini, A. (2016). First report of 16SrVI-A and 16SrXII-A phytoplasma associated with alfalfa witches’ broom disease in Iran. Journal of Plant Pathology, 98(2), 72.

Firrao G., Garcia-Chapa, M., & Marzachì, C. (2007). Phytoplasmas: Genetics, diagnosis and relationships with the plant and insect host. Journal of Frontiers in Bioscience, 12, 1353-1375.

Ghayeb Zamharir, M. (2014). Molecular study of a new disease of peach in Iran associated with a phytoplasma. Advances in Microbiology, 4(1), 20-24.

Ghayeb Zamharir, M. (2016). Association of a 'Candidatus Phytoplasma solani'-related strain with pistachio in Iran. New Disease Reports, 34(9).

Ghayeb Zamharir, M., Hajivand, S., Paltrinieri, S., & Bertaccini, A. (2017). Molecular identification of diverse ‘Candidatus Phytoplasma’ species associated with grapevine decline in Iran. Journal of Phytopathology, 165, 407-413.

Ghayeb Zamharir, M., & Eslahi, M. R. (2019). Molecular study of two distinct phytoplasma species associated with streak yellows of date palm in Iran. Journal of Phytopathology, 167(1), 19-25.

Griffiths, H. M., Sinclair, W. A., Smartt, C. D., & Davis R. E. (1999). The phytoplasma associated with ash yellows and lilac witches'-broom: 'Candidatus phytoplasma fraxini. International Journal of Systematic Bacteriology, 49, 1 605-1614.

Iriti, M., Quaglino, F., Maffi, D., Casatti, P., Bianco, P. A., & Faoro, F. (2008). Solunum malacoxylon, a new natural host of stolbur phytoplasma. Journal of Phytopathology, 156, 8–14.

IRPCM, Phytoplasma/Spiroplasma Working Team– Phytoplasma Taxonomy Group. (2004). ‘Candidatus Phytoplasma’, a taxon for the wall-less, non-helical prokaryotes that colonize plant phloem and insects. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 54, 1243–1255.

Jamshidi, E., Jafarpour, B., Rouhani, H., & Salehi, M. (2014). Association of members of clover proliferation (16SrVI) and pigeon pea witches’ broom (16SrIX) phytoplasma group with tomato big bud disease in Iran. Iranian Journal of Plant Pathology, 50(2), 77-89.

Kube, M., Schneider, B., Kuhl, H., Dandekar,T., Heitmann, K., Migdoll, A.M., Reinhardt, R., & Seemüller, E. (2008). The linear chromosome of the plant-pathogenic mycoplasma 'Candidatus Phytoplasma mali'. BMC Genomics, 9, 306.

Kuske, C. R., & Kirkpatrick, B. C. (1992). Phylogenetic relationships between the western aster yellows mycoplasma like organisms and other prokaryotes established by 16S rRNA gene sequence. International Journal of Systematic Bacteriology, 42, 226-233.

Langer, M. and Maixner. M. (2004). Molecular characterization of grapevine yellows associated with phytoplasmas of stolbur group based on RFLP-analysis of nonribosomal DNA. Vitis, 43, 185–189.

Lee, I. M., Gundersen, D. E., Davis, R. E. and Chiykowski. L. N. (1992). Identification and analysis of a genomic strain cluster of mycoplasmalike organisms associated with canadian peach (eastern) x disease, western x disease, and clover yellow edge. Journal of Bacteriology, 174, 6694-6698.

Lee, I. M., Gundersen-Rindal, D. E., Davis, R. E., & Bartoszyk, I. M. (1998). Revised classification scheme of phytoplasmas based on RFLP analyses of 16S rRNA and ribosomal protein gene sequences. International Journal of Systematic Bacteriology, 48, 1153–1169.

Lee, I. M., Gundersen-Rindal, D. E., Davis, R. E., Bottner, K. D., Marcone, C., Seemuller, E. (2004). ‘Candidatus Phytoplasma asteris’, a novel phytoplasma taxon associated with aster yellows and related diseases. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 54, 1037–1048.

Lim, P. O., & Sears, B. B. (1989). 16S rRNA sequence indicates that plant-pathogenic mycoplasma like organisms are evolutionarily distinct from animal mycoplasmas. Journal of Bacteriology, 171, 5901-5906.

Marcone, C., Lee, I. M., Davis, R. E., Ragozzino, A. and Seemüller, E. (2000). Classification of aster yellows-group phytoplasmas based on combined analyses of ribosomal RNA and tuf gene sequences. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 50, 1703-1713.

Marcone, C., & Seemuller, E. (2001). A chromosome map of the European stone fruit yellows phytoplasma. Microbiology, 147, 1213–1221.

Martini, M., Loi, N., Ermacora, P., Carraro, L., & Pastore, M. (2007). A real-time PCR method for detection and quantification of ‘Candidatus Phytoplasma prunorum’ in its natural hosts. Bulletin of Insectology, 60, 251-252.

Martini, M., Botti, S., Marcone, C., Marzachi, C., Casati, P., Bianco, P. A., Benedetti, R., & Bertaccini, A. (2002). Genetic variability among Flavescence dorée phytoplasmas from different origins in Italy and France. Journal of Molecular Cell Probes, 16, 197–208.

Mehrnia, M., Asri, Y., & Hosseini, Z. (2021). A floristic study of the western part of Oshtrankooh region in Lorestan province. Journal of Taxonomy and Biosystematics, 12, 5- 48.

Murray, R. G. E. and Schleifer, K. H. (1994). Taxonomic notes, a proposal for recording the properties of putative taxa of prokaryotes. International Journal of Systematic Bacteriology, 44, 174–176.

Oshima, K., Maejima, K., & Namba, S. (2013). Genomic and evolutionary aspects of phytoplasmas. Frontiers in Microbiology, 4, 1-8.

Padovan, A. C., Firrao, G., Schneider, B., & Gibb, K. S. (2000). Chromosome mapping of the sweet potato little leaf phytoplasma reveals genome heterogeneity within the phytoplasmas. Microbiology, 146, 893–902.

Perez-López, E., Olivier, C. Y., Luna-Rodríguez, M., & Dumonceaux, T. J. (2016). Phytoplasma classification and phylogeny based on in silico and in vitro RFLP analysis of cpn60 universal target sequences. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 66, 5600-5613.

Ruggiero, M. A., Gordon, D. P., Orrell, T. M., Bailly, N., Bourgoin, T., & Brusca, R. C. (2015). Correction: A Higher Level Classification of All Living Organisms. PLoS ONE 10(6), e0130114.

Saberamoli, S., Asri, Y., Mozaffarian, V., Balali, G., Afsharzadeh, S., & Esmaili, R. (2021). Chorological and endemism analysis of the central Alborz protected area flora (Slopes of Welwesht, Dahla, and Azadkouh). Journal of Taxonomy and Biosystematics, 13(3), 27-56.

Salehi, M., Izadpanah, K., & Heydarnejad, J. (2006). Characterization of a new almond witches’ broom phytoplasma in Iran. Journal of Phytopathology, 154(7-8), 386-391.

Salehi, M., Esmailzadeh Hosseini, S. A., Salehi, E., & Bertaccini, A. (2016). Genetic diversity and vector transmission of phytoplasmas associated with sesame phyllody in Iran. Folia Microbiologica, 62(2), 99-109.

Salehi, M., Salehi, E., Siampour, M., Quaglino, F., & Bianco, P. A. (2018). Apricot yellows associated with ‘Candidatus Phytoplasma phoenicium’ in Iran. Phytopathologia Mediterranea, 57(2), 269-283.

Schneider, B., Gibb, K. S., & Seemüller E. (1997). Sequence and RFLP analysis of the elongation factor Tu gene used in differentiation and classification of phytoplasmas. Microbiology, 143, 3381–3389.

Schweigkofler, W. (2008). Phytoplasma: General information. Research Centre for Agriculture and Forestry Laimburg. Retrieved from: http://www.laimburg.it/files/PhytoplasmaHomepageENG.pdf

Seemuller, E. and Schneider, B. (2004). ‘Candidatus phytoplasma mali’, ‘candidatus phytoplasma pyri’ and ‘candidatus phytoplasma prunorum’, the causal agents of apple proliferation, pear decline and european stone fruit yellows, respectively. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 54, 1217–1226.

Shao, J., Jomantiene, R., Dally, E. L., Zhao, Y., Lee, I. M., Nuss, D. L., & Davis R. E. (2006). Phylogeny and characterization of phytoplasmal NusA and use of the nusA gene in detection of group 16SrI strains. Journal of Plant Pathology, 88, 193-201.

Toth, K. F., Harrison, N., & Sears, B. B. (1994). Phylogenetic relationships among members of the class Mollicutes deduced from rps3 gene sequences. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 44, 119–124.

Town, J., Annand, H., Pratt, D., Dumonceaux, T., & Fonstad, T. (2014). Microbial community composition is consistent across anaerobic digesters processing wheat-based fuel ethanol waste streams. Journal of Bioresource Technology, 157, 127–133.

Tran-Nguyen, L. T. T., Kube, M., Schneider, B., Reinhardt, R., & Gibb, K. S. (2008). Comparative genome analysis of ‘Ca. P. australiense’ (subgroup tuf-Australia I; rp-A) and ‘Ca. Phytoplasma asteris’ strains OY-M and AY-WB. Journal of Bacteriology, 190, 3979–3991.

Wei, W., Davis, R. E., Lee, I. M., & Zhao, Y. (2007). Computer-simulated RFLP analysis of 16S rRNA genes: identification of ten new phytoplasma Groups. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 57, 1855–1867.

Welliver, R. (1999). Diseases caused by phytoplasmas. Journal of Regulatory Horticulture, 25, 17-22.

Woese, C. R. (1987). Bacterial evolution. Microbiology Review, 51, 221–271.

Woese, C. R., Kandler, O. & Wheels, M. L. (1990). Towards a natural system of organisms: proposal for the domains of Archaea, Bacteria, and Eucarya. Proceedings of the National Academy of Sciences, 87(12), 4576-4579.

Zhao, Y., & Davis, R. E. (2016). Criteria for phytoplasma 16Sr group/subgroup delineation and the need of a platform for proper registration of new groups and subgroups. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 66, 2121–2123.

Zhao, Y., Sun, Q., Wei, W., Davis, R. E., Wu, W., & Liu, Q. (2009). Candidatus Phytoplasma tamaricis’, a novel taxon discovered in witches'-broom-diseased salt cedar (Tamarix chinensis Lour.). International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 59, 2496-2504.

Zirak, L., Bahar, M., & Ahoonmanesh, A. (2010). Molecular characterization of phytoplasmas associated with peach diseases in Iran. Journal of Phytopathology, 158(2), 105-110.

آمار

تعداد مشاهده مقاله: 481

تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 372

سامانه مدیریت نشریات علمی. طراحی و پیاده سازی از سیناوب

پیوندهای مفید

اخبار و اعلانات

آمار

روش‌‌های طبقه‌‌بندی فایتوپلاسماها