تعداد نشریات | 43 |
تعداد شمارهها | 1,677 |
تعداد مقالات | 13,681 |
تعداد مشاهده مقاله | 31,748,534 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 12,549,089 |
واژگونی درونگونهای در ناحیۀ psbA-trnH و تأثیر آن در بارکدگذاری: مطالعۀ موردی گروه Capparis spinosa L. | ||
تاکسونومی و بیوسیستماتیک | ||
مقاله 6، دوره 11، شماره 38، خرداد 1398، صفحه 79-90 اصل مقاله (1 M) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22108/tbj.2019.117393.1090 | ||
نویسندگان | ||
مریم احمدی1؛ حجت اله سعیدی* 2؛ سید منصور میرتاج الدینی3 | ||
1گروه زیست شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه اصفهان، اصفهان، ایران | ||
2دانشیار گروه زیستشناسی گیاهی و جانوری، دانشگاه اصفهان، اصفهان، ایران | ||
3استادیار گروه زیستشناسی، دانشکدۀ علوم، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران | ||
چکیده | ||
بارکدگذاری DNA یکی از روشهای رو به گسترش در سیستماتیک مولکولی برای شناسایی گونهها است. ناحیۀ psbA-trnH یکی از متغیرترین نواحی غیر کدشوندۀ ژنوم کلروپلاستی و بارکد DNA استانداردی برای گونههای گیاهی است؛ با این حال، وجود واژگونیهای درونگونهای، استفاده از این قطعه را بهعنوان بارکد DNA مناسب محدود کرده است. در پژوهش حاضر، تأثیر این تغییرات ساختاری بر شناسایی گونههای گروه Capparis spinosa شامل C. spinosa، C. parviflora، C. mucronifolia و C. cartilaginea، بررسی شد. همردیفسازی ترادفهای این قطعه در 25 نمونه، شامل 4 گونه از این گروه و 3 گونۀ دیگر از جنس Capparis انجام شد. نتایج حاصل نشان داد چندشکلی درونگونهای در دو ناحیه از قطعۀ psbA-trnH در گروه C. spinosaوجود دارد و حدود 8 درصد از طول این ناحیه را در بر گرفته است. تحلیل دادهها نشان داد شناسایینکردن این واژگونیها منجر به تخمین بیش از حد واگرایی درونگونهای، کاهش واگرایی بینگونهای و ناتوانی توالی psbA-trnH در شناسایی تاکسونهای خویشاوند میشود و استفاده از توالی مکمل معکوس تا حدودی این مشکل را کاهش میدهد. براساس نتایج این پژوهش، پیشنهاد میشود نمونهبرداری از دامنۀ جغرافیایی وسیعی ممکن است تنوعات مولکولی درون یک گونه را بهتر نمایان کند و کارآیی یک بارکد DNA را افزایش دهد. واژههای کلیدی: Capparis spinosa، واژگونیهای درونگونهای،psbA-trnH. | ||
کلیدواژهها | ||
واژههای کلیدی: Capparis spinosa؛ واژگونیهای درونگونهای؛ psbA-trnH | ||
مراجع | ||
منابع Saghafi Khadem, F. (2000) Flora of Iran. Capparaceae. Number 30. Research Institute of Forests and Rangelands, Tehran (in Persian). Boissier, E. (1867) Flora Orientalis sive enumeratio plantarum in Oriente a Graecia et Aegypto ad Indiae fines hucusque observatarum. Vol. 1, H. Georg, Basel, Genèv. Bieniek, W., Mizianty, M. and Szklarczyk, M. (2015) Sequence variation at the three chloroplast loci (matK, rbcL, trnH-psbA) in the Triticeae tribe (Poaceae): comments on the relationships and utility in DNA barcoding of selected species. Plant Systematics and Evolution 301(4): 1275-1286. Case, A. (2000) Evolution of combined versus separate sexes in Wurmbea (Colchicaceae). PhD thesis, University of Toronto, Toronto, Canada. Costion, C., Ford, A., Cross, H., Crayn, D., Harrington, M. and Lowe, A. (2011) Plant DNA barcodes can accurately estimate species richness in poorly known floras. PLoS One 6(11): e26841. Cullings, K.W. (1992) Design and testing of a plant-specific PCR primer for ecological and evolutionary studies. Molecular Ecology 1(4):233-240. Degtjareva, G. V., Logacheva, M. D., Samigullin, T. H., Terentieva, E. I. and Valiejo-Roman, C. M. (2012) Organization of chloroplast psbA-trnH intergenic spacer in dicotyledonous angiosperms of the family Umbelliferae. Biochemistry (Moscow) 77(9): 1056-1064. Doyle, J. J. and Doyle, J. L. (1987) A rapid procedure for DNA purification from small quantities of fresh leaf tissue. Phytochemical Bulletin 19:11-15. Fici, S. (2015) A taxonomic revision of the Capparis spinosa group (Capparaceae) from eastern Africa to Oceania. Phytotaxa 203(1):024-036. Fici, S. (2014) A taxonomic revision of the Capparis spinosa group (Capparaceae) from the Mediterranean to Central Asia. Phytotaxa 174 (1): 001–024. Graham, S. W., Reeves, P. A., Burns, A. C. and Olmstead, R. G. (2000) Microstructural changes in noncoding chloroplast DNA: interpretation, evolution, and utility of indels and inversions in basal angiosperm phylogenetic inference. International Journal of Plant Sciences 161(S6): S83-S96. Hebert, P. D. N, Stoeckle, M. Y., Zemlak, T. S. andFrancis, C. M.(2004)Identification of birds through DNA barcodes. PLoS Biology2: e312. Hedge, I. C. and Lamond J. (1970) Capparidaceae. In: Flora Iranica (Ed. Rechinger, K. H.) 68: 1-9. Inocencio, C., Rivera, D., Obón, M. C., Alcaraz, F. and Barreña, J. A. (2006) A systematic revision of Capparis section Capparis (Capparaceae). Annals of the Missouri Botanical Garden 1: 122-149. Jacobs, M. (1965) The genus Capparis (Capparaceae) from the Indus to the Pacific. Blumea 12(3):385-541. Kelchner, S. A., and Wendel, J. F. (1996). Hairpins create minute inversions in non-coding regions of chloroplast DNA. Current genetics 30(3): 259-262. Kim K. J., Lee H. L. (2005) Widespread occurrence of small inversions in the chloroplast genomes of land plants. Molecules and Cells 19:104–113. Kress, W. J. (2017) Plant DNA barcodes: Applications today and in the future. Journal of Systematics and Evolution 55(4):291-307. Larkin, M. A., Blackshields, G., Brown, N. P., Chenna, R., McGettigan, P. A., McWilliam, H., Valentin, F., Wallace, I. M., Wilm, A., Lopez, R., Thompson, J. D., Gibson, T. J. and Higgins, D. G. (2007) Clustal W and Clustal X version 2.0. Bioinformatics 23:2947-2948. Ohsako, T., and Ohnishi, O. (2000) Intra‐and interspecific phylogeny of wild Fagopyrum (Polygonaceae) species based on nucleotide sequences of noncoding regions in chloroplast DNA. American Journal of Botany 87(4): 573-582. Pang, X., Liu, C., Shi, L., Liu, R., Liang, D., Li, H., Cherny, S. S. and Chen, S. (2012) Utility of the trnH–psbA Intergenic Spacer Region and Its Combinations as Plant DNA Barcodes: A Meta- Analysis. PLoS ONE 7(11): e48833. Štorchová, H., and Olson, M. S. (2007) The architecture of the chloroplast psbA-trnH non-coding region in angiosperms. Plant Systematics and Evolution 268(1-4): 235-256. Sang, T., Crawford D. J. and Stuessy, T. F. (1997) Chloroplast DNA phylogeny, reticulate evolution, and biogeography of Paeonia (Paeoniaceae). American Journal of Botany 84(8):1120-1136. Spooner, D. M. (2009) DNA barcoding will frequently fail in complicated groups: an example in wild potatoes. American journal of botany 96(6): 1177-1189. Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A. and Kumar, S. (2013) MEGA6: molecular evolutionary genetics analysis version 6.0. Molecular biology and evolution 30(12):2725-2729. Whitlock, B. A., Hale, A. M. and Groff, P. A. (2010) Intraspecific inversions pose a challenge for the trnH-psbA plant DNA barcode. PloS one 5(7): e11533. Zohary, M. (1960) The species of Capparis in the Mediterranean and the Near Eastern countries. Bulletin of the Research Council of Israel 8D: 49–64. | ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 253 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 318 |