
تعداد نشریات | 43 |
تعداد شمارهها | 1,685 |
تعداد مقالات | 13,830 |
تعداد مشاهده مقاله | 32,662,110 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 12,916,025 |
مطالعه و بررسی الگوی بیان ژن AUX1 و تأثیر آن در ایجاد ریشههای نابجا در قلمههای زیتون (Olea europaea L.) | |||||||
علوم زیستی گیاهی | |||||||
مقاله 12، دوره 6، شماره 22، دی 1393، صفحه 127-133 اصل مقاله (516.98 K) | |||||||
نویسندگان | |||||||
وحیده هدایتی1؛ امیر موسوی1؛ فیامتا آلاگنا2؛ ساوریو پاندولفی2؛ خدیجه رضوی1؛ لوسیانا بالدونی2؛ سید مهدی حسینی مزینانی* 1 | |||||||
1گروه زیست فناوری مولکولی گیاهی، پژوهشکده زیست فناوری کشاورزی، پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، تهران، ایران | |||||||
2مؤسسه تحقیقات علوم زیستی و منابع زیستی (CNR-IBBR)، پروجا، ایتالیا | |||||||
چکیده | |||||||
زیتون (Olea europaea L.) از مهمترین محصولات حوزه مدیترانه است که صرفاً با قلمه تکثیر میشود. اگرچه ظرفیت ریشهدهی پایین در برخی از ارقام کارآیی تکثیر غیرجنسی زیتون را به شدت تحت تأثیر قرار میدهد اما رشد ریشههای نابجا مرحله کلیدی در تکثیر رویشی این گیاه است. ژن ناقل برون شارش اکسین 1 (AUX1) نقش کلیدی را در تشکیل ریشه جانبی در بسیاری از گونههای گیاه ایفا میکند. این ژن صدور IAA از برگهای تازه نمویافته به پریموردیای ریشه جانبی را تحریک میکند. همولوگ پیش فرض این ژن در زیتون با روش طراحی آغازگر چندحالتی از مناطق حفاظتشده رونوشتهای AUX1 در گیاهان دیگر جداسازی شد. توالی رونوشت و آمینو اسید این ژن در ریشه (OeAUX1R) و انتهای قلمه (OeAUX1B) با هم تفاوت داشت. احتمالاً این چندشکلیها میتواند مربوط به نقش کلیدی ژن در بافتهای مختلف باشد. به منظور بررسی حالتهای بیانی این ژن، آزمایش PCR در زمان واقعی روی قلمههای جمعآوری شده طی ریشهدهی از ژنوتیپهایی با توان ریشهدهی بالا و پایین انجام شد. همچنین، بیان ژن در بافتهای مختلف زیتون نیز بررسی گردید. نتایج مقدماتی نشان داد که بیان ژنهای OeAUX1R و OeAUX1B در انتهای قلمه و ریشه ژنوتیپهای با ریشهدهی بالا افزایش مییابد و پیشنهاد میشود که OeAUX1 در ریشهدهی زیتون دخالت دارد. همچنین بررسیهای بیوانفورماتیک نشان داد که ژن AUX1 در زیتون دارای 8 اگزون است که توالی آن طی تکامل گیاهان حفاظت شده است. | |||||||
کلیدواژهها | |||||||
زیتون (Olea europaea L.)؛ بیان ژن؛ ریشهدهی زیتون؛ ژن AUX1 | |||||||
اصل مقاله | |||||||
زیتون (Olea europaea L.) یکی از فراوانترین محصولات میوهدار در حوزه مدیترانه و از قدیمیترین محصولات باغی است که عموماً برای استخراج روغن کشت میشده است (Wu et al., 2004). این گونه متعلق به تیره Oleaceae، دیپلوئید (2n=46)، هتروزیگوت و تکپایه است (Johnson, 1957). تکثیر زیتون با روشهای جنسی و غیرجنسی صورت میگیرد. از کشت بذر برای دستیابی به تنوع ژنتیکی و از ازدیاد غیرجنسی برای تولید گیاهان مشابه با گیاه مادری استفاده میشود. سیستم ریشهدهی زیتون بسیار قوی است. با توجه به این که 70 تا 90 درصد تکثیر این گیاه به ریشهدهی موفق قلمهها بستگی دارد (Santos Macedo et al., 2009)، شناسایی عوامل تنظیمکننده تولید ریشه اعم از عوامل ژنتیکی، وضعیت غذایی، مرحله فنولوژیکی، فیزیولوژی گیاه مادری و شرایط محیطی ضروری است (Santos Macedo et al., 2009). یکی از مهمترین عوامل مؤثر در کارآیی گیاه، تنشهای زیستی و غیرزیستی (شوری، خشکی و سرما) هستند که بر سرعت رشد و نمو و القای اندامهایی نظیر بخشهای هوایی، ریشه و ریشههای مویین تأثیرگذار هستند (Santos Macedo et al., 2009). همچنین، عوامل ژنتیکی نیز تأثیر بهسزایی بر قابلیت ریشهزایی زیتون دارند (Wu et al., 2004). با توجه به اهمیت این گیاه روغنی در ایران و جهان، لازم است تا ژنهای مهم دخیل در فرآیند ریشهزایی شناسایی و همسانهسازی شود تا بتوان در فرآیندهای بهگزینی از آن بهره برد و به انتخاب گیاهانی با ریشهدهی بالا در مراحل نونهالی کمک نمود. تاکنون مطالعات اندکی پیرامون ژنهای دخیل در ریشهزایی زیتون انجام شده است و تنها Santos Macedo و همکاران (2009 و 2012) این موضوع را به صورت محدود در سطح مولکولی بررسی نمودهاند در حالی که اغلب مطالعات بیانگر تأثیر ترکیباتی نظیر هورمونها در القای ریشهزایی قلمههای زیتون است (Sebastiani and Tognetti, 2004). پرسشهای بیپاسخ متعددی در زمینه تنظیم ژنتیکی صفت ریشهزایی در زیتون وجود دارد و بر اساس بررسیهای انجام شده، اهداف مطالعه حاضر تاکنون در طرحهای مشابه انجام نشده است. با توجه به طولانی بودن مرحله نونهالی زیتون (5 سال) و زمانبر بودن روشهای اصلاح سنتی و ناکارآمد بودن این روشها و با توجه به این که کیفیت پایین ریشهزایی از عوامل محدودکننده باغات زیتون به شمار میرود، اصلاح ضعف ریشهزایی و افزایش کارآیی آن موجب افزایش مزیتهای اقتصادی قلمههای زیتون و کاهش مدت زمان ایجاد باغستانهای آن میشود (Sebastiani and Tognetti, 2004). از دیگر مزایای ریشهزایی، افزایش تحمل گیاه در برابر تنشهای غیرزیستی است (Santos Macedo et al., 2009). هدف از مطالعه حاضر، شناسایی و بررسی ژن یا ژنهای تأثیرگذار در فرآیند ریشهزایی در قلمههای زیتون است. از آنجا که قابلیت ریشهزایی از جمله مشکلات مطرح در تولید و تکثیر پایههای مطلوب زیتون در ایران است، با شناسایی ژن یا ژنهای دخیل در ریشهزایی میتوان درختان زیتون با توان ریشهدهی بالا را در مراحل نونهالی شناسایی نمود و از این ویژگی در برنامههای اصلاح و بهنژادی زیتون استفاده کرد، ضمن این که تکثیر غیرجنسی ارقام ارزشمند ایرانی با درک سازوکار ژنتیکی بهبود خواهد یافت. به طور کلی، نتایج این تحقیق پاسخگوی مشکلات اساسی در مطالعات ژنومیک و برنامههای بهنژادی مولکولی زیتون در جهت بهبود و ارتقای ریشهزایی در ارقام کنسروی و روغنی زیتون ایران خواهد بود. مواد و روشها. مواد گیاهی: در پژوهش حاضر، از جمعیت ژنتیکی حاصل از تلاقی دو رقم زیتون (Leccino به عنوان پایه مادری با ریشهدهی قوی و Dolce Agogia به عنوان پایه پدری با ریشهدهی ضعیف) و 115 نتاج حاصله دارای تفرق برتر در صفت ریشهزایی نسبت به والدین استفاده شد. از هرکدام از نتاج حاصل از تلاقی، 6 قلمه با دو تکرار تهیه شد. از هورمون IBA با غلظت ppm 2000 به منظور ریشهدار شدن استفاده گردید. قلمهها در اتاقک رشد حاوی پرلیت استریل با رطوبت 100 درصد و دمای 23 درجه سانتیگراد نگهداری شدند. پس از دو ماه، صفات ریشهزایی از جمله: تعداد قلمههای ریشهدار شده، درصد ریشهزایی، طول و تعداد ریشهها اندازهگیری شد. بر اساس این صفات، گیاهان با قابلیت ریشهدهی بالا و پایین انتخاب شدند. از این گیاهان در زمانهای 0، 10، 20، 30 و 40 روز پس از قلمهگیری (به ترتیب T0، T1، T2، T3 و T4) قلمه تهیه شد. در فواصل زمانی یاد شده، از ناحیه پایین قلمه هر گیاه (یک سانتیمتر انتهای قلمه زیر نخستین گره) نمونهبرداری انجام و نمونهها جهت استخراج RNA به سرعت در نیتروژن مایع فریز شد. همچنین، برای بررسی بیان ژنها در اندامهای مختلف، از گل، برگ، ریشه و انتهای قلمه یکی از نتاج با ریشهدهی بالا نیز نمونهبرداری انجام گرفت. انتخاب و جداسازی ژن کاندید. بر اساس پژوهشهای Shen و همکاران (2010) و Corinne و همکاران (2012) چندین ژن دخیل در ریشهزایی انتخاب شد و از میان آنها ژن ناقل برون شارش اکسین 1 (AUX1) انتخاب گردید. با توجه به این که این ژن تاکنون در زیتون گزارش نشده بود، با نرمافزار .primer 3-0.40 (http://bioinfo.ut.ee/primer 3-0.4.0) از مناطق حفاظت شده در سایر گونههای زیتون یک آغازگر چندحالتی برای این ژن طراحی گردید. از ریشه و انتهای قلمه یکی از نتاج با ریشهدهی بالا RNA استخراج شد (QIAGEN, Cat No: 74904) پس از تیمار با DNase (Ambion, Cat No: 1011015) جهت حذف آلودگی DNA، سنتز cDNA (Invitrogen, Cat No: 18080-093) صورت گرفت. همسانهسازی ژن در حامل pGEM T-easy vector 2.1 و توالییابی توسط دستگاه Genetic Analyzer (مدل ABI PRISM 3130، شرکت Life Technologies، آمریکا) انجام شد. بررسی کمّی بیان ژن: PCR در زمان واقعی بررسیهای بیوانفورماتیک: با استفاده از دادههای توالییابی ژنوم والد مادری (Leccino)، توالیهایی با تشابه بیش از 90 درصد با توالی ژن AUX1 گزارش شده در سایر گیاهان انتخاب شد. سپس با نرمافزار برخط Softberry (http://linux1.softberry.com) توالی mRNAهایی به دست آمد، هر کدام از توالیها به طور جداگانه در پایگاه اطلاعاتی NCBI بلاست شدند تا توالی منطبق با ژن AUX1 مشخص شود. با همردیفی توالی پیشگویی شده، ژن AUX1 و توالی نوکلئوتیدی ژنوم والد مادری، تعداد اگزون و اینترونهای این ژن مشخص شد. سپس با نرمافزار برخط ExPASy (http://web.expasy.org/translate) توالی پروتئینی این ژن مشخص و برای توالی مذکور در پایگاه اطلاعاتی NCBI بلاست انجام شد. تحلیل آماری: آنالیز واریانس دادهها و مقایسه میانگین بیان ژن در زمانهای مختلف برای نتایج به دست آمده از PCR با آزمون چند دامنهای دانکن در سطح خطای 01/0 با نرمافزار R Console نسخه 2/0/3 انجام شد.
نتایج و بحث. نتاج با ریشهدهی بالا (100 درصد) و ریشهدهی پایین (0 درصد) بر مبنای صفات ریشهزایی از جمله: تعداد قلمههای ریشهدار شده، درصد ریشهزایی، طول و تعداد ریشهها شناسایی شدند. به دنبال آن، ژن AUX1 در انتهای قلمه و ریشه در یکی از نتاج حاصل از تلاقی با ریشهدهی بالا همسانهسازی شد و نتایج نشان داد که توالی ژن در این دو منطقه دارای چندشکلی است به طوری که توالی ژن AUX1 جداسازی شده از انتهای قلمه و ریشه در سطح رونوشت و آمینو اسید به ترتیب 84 و 85 درصد با یکدیگر تشابه داشتند. بر این اساس، ژن جداسازی شده از ریشه و انتهای قلمه به ترتیب OeAUX1R و OeAUX1B نامگذاری شد. احتمالاً این چندشکلی نشان دهنده وجود دو آلل برای این ژن است که بر مبنای تفاوت بافت عمل مینمایند. با توجه نقش عمده اکسینها در تشکیل ریشههای نابجا به ویژه در آغاز تشکیل و نمو پریموردیای ریشههای نابجا، افزایش تعداد ریشههای نابجا در اثر استفاده از اکسین خارجی و کاهش تعداد ریشههای نابجا در اثر ممانعت از انتقال اکسین (Fukaki and Tasaka, 2009)، بررسی الگوی بیان نسبی این ژنها در بافتها در زمانهای مختلف ضروری به نظر میرسد. به این منظور از آزمون کمّی PCR در زمان واقعی با دقت بسیار بالا جهت بررسی بیان استفاده گردید. نتایج در زمان واقعی PCR با آغازگرهای اختصاصی ژنهای OeAUX1R و OeAUX1B در زمانهای 0، 10، 20، 30 و 40 روز پس از قلمهگیری برای نتاج با ریشهدهی بالا و پایین نشان داد که در نتاج با ریشهدهی بالا بیان هر دو ژن در زمان 0 افزایش و سپس کاهش معنیداری داشت و در زمانهای بعد میزان بیان تقریباً ثابت بود (شکل 1-A و B). از سوی دیگر، بیان ژن OeAUX1B در نتاج با ریشهدهی پایین در زمانهای 0 و 40 روز پس از قلمهگیری اختلاف معنیداری با بیان همین ژن در سه زمان دیگر داشت، اما در مقایسه با نتاج با ریشهدهی بالا بیان این ژن در زمان 0 تقریباً 6 برابر بیشتر از بیان در نتاج با ریشهدهی پایین بود ضمن این که تفاوتی در میزان بیان ژن OeAUX1R طی مدت زمانی معین در نتاج با ریشهدهی پایین مشاهده نشد. این نتایج نشان داد که با توجه به این که قلمهها از شاخههای جدید گرفته شدند و بر اساس این که سطوح اکسینی که به صورت طبیعی در بافتهای قلمهزده وجود دارد به گیاه مادری بستگی دارد (George et al., 2008)، بنابراین سطوح بالای بیان ژن در زمان 0 میتواند به علت توان بالای گیاه مادری در ایجاد ریشه باشد. Costa و همکاران در سال 2013 نشان دادهاند که طی ساعات اولیه پس از جداسازی قلمه گیاه جاسمونات، ترکیبات فنلی و اکسین در انتهای قلمه به صورت محلی افزایش مییابند و بلافاصله پس از جداسازی قلمهها از گیاه مادری، محتوای بالایی از اکسین را مشاهده کردند که میتواند در بهبود ریشهزایی مؤثر باشد. همچنین گزارش شده است که محتوای اولیه و ترکیبات فنلی منتقل شده از گیاه مادری به قلمهها، ممانعت از تجزیه اکسین در انتهای قلمه توسط ترکیبات فنلی و نیز میانکنش بین این متابولیتها، اکسینها و پراکسیدها میتواند تشکیل ریشههای نابجا را تحت تأثیر قرار دهد (De Klerk et al., 1999). با توجه به این شواهد میتوان احتمال داد که ژن AUX1 در گیاهان با توان ریشهدهی بالا از ابتدا بیان بالایی داشته است به همین دلیل میتواند پس از قلمهگیری، اکسین بیشتری به انتهای قلمه منتقل کند و به ایجاد ریشه در این منطقه منجر شود.
مطالعات نشان داده است که نیمه عمر پروتئین کد شده توسط ژن AUX1 بسیار کوتاه است (Corinne et al., 2012) و احتمالاً طی ساعات اولیه پس از قلمهگیری بیان این ژن تغییر خواهد یافت. بر اساس مطالعات موجود اکسین میتواند در مراحل اولیه ایجاد پریموردیای ریشه پس از قلمهگیری افزایش یابد که میتواند بر بیان ژنهای وابسته هم اثر بگذارد (Costa et al., 2013). به منظور درک بیشتر لازم است بیان ژن طی ساعات مختلف پس از قلمهگیری در نتاج با ریشهدهی بالا و پایین بررسی گردد، همچنین اثر اکسین خارجی بر بیان ژن AUX1 در آزمایشی با حضور اکسین و بدون آن در زمانهای 0، 10، 20، 30 و 40 روز پس از قلمهگیری در حال بررسی است. نتایج بررسی بیان این ژنها در بافتهای مختلف از جمله: برگ، گل، ریشه و انتهای قلمه در نتاج با ریشهدهی بالا نشان داد که بیشترین بیان ژنها در ناحیه انتهای قلمه و ریشه است (شکل 1-C و D). تحلیل بیوانفورماتیک نشان داد که ژن AUX1 در زیتون دارای 8 اگزون و طول کامل ژن حدود 4000 جفت باز است. توالی نوکلئوتیدی و پروتئینی این ژن با تشابه بالای 80 درصد با توالی نوکلئوتید و پروتئین همین ژن در گیاهان دیگر همردیف شدند و مشخص شد که توالی ژن AUX1 در بین گیاهان، طی تکامل حفاظت شده است. با توجه به این که خانواده ژنی AUX/LAX از انتقالدهندههای اکسین برون شارش برای استقرار و سازماندهی سلولهای ریشه جنینی آرابیدوپسیس هستند (Shen et al., 2010) و پژوهشهای دیگر نشان داد که معمولاً انتقال اکسین از برگ و تجمع آن در انتهای قلمه برای ایجاد ریشههای نابجا در ارقام سهلریشهزا کافی است (Costa et al., 2013) و این امر میتواند توسط ژنهای ناقل اکسین نظیر AUX1 صورت گیرد، بنابراین انتظار میرود این ژن در زیتون نیز به عنوان یکی از ژنهای کاندید دخیل در ریشهزایی باشد.
سپاسگزاری. نگارندگان از پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری بابت تأمین هزینهها (طرح پژوهشی شماره 437) و فراهم نمودن امکانات و همچنین مؤسسه تحقیقات علوم زیستی و منابع زیستی پروجا در ایتالیا در ایتالیا سپاسگزاری مینمایند. | |||||||
مراجع | |||||||
Corinne, A. D., Bassa, C., Mila, I., Regard, F., Zouine, M. and Bouzayen, M. (2012) Genome-wide identification, functional analysis and expression profiling of Aux/IAA gene family in tomato. Plant Cell Physiology 53: 1583-1595.
Costa, C. T., Almeida, M. R., Ruedell, C. M., Schwambach, J, Maraschin, F. S. and Fett-Neto, A. G. (2013) When stress and development go hand in hand: main hormonal controls of adventitious rooting in cuttings. Frontiers in Plant Science 4: 133.
De Klerk, G. J., Van der Krieken, W. and De Jong, J. C. (1999) The formation of adventitious roots: new concepts, new possibilities. In Vitro Cellular and Developmental Biology Plant 35: 189-199.
ExPASy, SIB bioinformatics Resource Portal. Retrieved from http://www.expasy.org. On: 30 June 2011.
Fukaki, H. and Tasaka, M. (2009) Hormone interactions during lateral root formation. Plant Molecular Biology 69(4): 437-449.George, E. F., Hall, M. A. and De Klerk, G. J. (2008) Plant propagation by tissue culture. 3rd edition, Dordrecht, Netherlands.
Johnson, L. (1957) A review of the family Oleaceae. Contributions from the New South Wales National Herbarium 2: 397-418.
Livak, K. J. and Schmittgen, T.D. (2001) Analysis of relative gene expression data using Real-Time Quantitative PCR and the 2-DDCT method. Methods 25: 402-408.
NCBI, National Center for Biotechnology Information. Retrieved from http://blast.ncbi.nlm.nih.gov. On 14 November 2013.
Santos Macedo, E., Cardoso, H. G. and Hern´andez, A. (2009) Physiologic responses and gene diversity indicate olive alternative oxidase as a potential source for markers involved in efficient adventitious root induction. Physiologia Plantarum 137: 532-552.
Santos Macedo, E., Sircar, D., Cardoso, H. G., Peixe, A. and Arnholdt-Schmitt, B. (2012) Involvement of alternative oxidase (AOX) in adventitious rooting of Olea europaea L. microshoots is linked to adaptive phenylpropanoid and lignin metabolism. The Plant Cell Report 31: 1581-1590.
Sebastiani, L. and Tognetti, R. (2004) Growing season and hydrogen peroxide effects on root induction and development in Olea europaea L. (cvs ‘Frantoio’ and ‘Gentile di Larino’) cuttings. Scientia Horticulturae 100: 75-82.
Shen, C. J., Bai, Y., Wang, S., Zhang, S., Wu, Y., Chen, M., Jiang, D. and Qi, Y. (2010) Expression profile of PIN, AUX⁄ LAX and PGP auxin transporter gene families in Sorghum bicolorunder phytohormone and abiotic stress. Federation of European Biochemical Societies Journal 277: 2954-2969.
Softberry Software and Services. Retrieved from http://linux1.softberry.com. On 10 August 2013.
Wu, S., Collins, G. and Sedgley, M. (2004) A molecular linkage map of olive (Olea europaea L.) based on RAPD, microsat | |||||||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 2,267 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 797 |