Genetic diversity of different accessions of Thymus kotschyanus using RAPD marker

Ismaili, Ahmad; Zabeti, Seyed Mahmoud; Hosseini, Seyedeh Zahra

تعداد نشریات	44
تعداد شماره‌ها	1,877
تعداد مقالات	15,278
تعداد مشاهده مقاله	43,731,027
تعداد دریافت فایل اصل مقاله	17,563,120

Genetic diversity of different accessions of Thymus kotschyanus using RAPD marker

Taxonomy and Biosystematics

مقاله 6، دوره 6، شماره 19، بهمن 2014، صفحه 55-66 اصل مقاله (725.67 K)

نویسندگان

Ahmad Ismaili^* ¹؛ Seyed Mahmoud Zabeti¹؛ Seyedeh Zahra Hosseini²

¹Department of Agronomy and Plant Breeding, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, Iran

²Department of Plant Biology, Faculty of Basic Sciences, Behbahan Khatam Alanbia University of Technology, Behbahan, Iran

چکیده

Analysis of genetic diversity is a major step for understanding evolution and breeding applications. Recent advances in the application of the polymerase chain reaction make it possible to score individuals at a large number of loci. The RAPD technique has been successfully used in a variety of taxonomic and genetic diversity studies. The genetic diversity of 18 accessions of Thymus kotschyanus collected from different districts of Iran has been reported in this study, using 30 random amplified polymorphic DNA primers. Multivariate statistical analyses including principal coordinate analysis (PCOA) and cluster analysis were used to group the accessions. From 29 primers, 385 bands were scored corresponding to an average of 13.27 bands per primer with 298 bands showing polymorphism (77.40%). A dendrogram constructed based on the UPGMA clustering method revealed three major clusters. The obtained results from grouping 18 accessions of T. kotschyanus with two studied methods indicated that in the most cases the applied methods produced similar grouping results. This study revealed nearly rich genetic diversity among T. kotschyanus accessions from different regions of Iran. The results showed RAPD marker was a useful marker for genetic diversity studies of T. kotschyanus and it was indicative of geographica variations.

کلیدواژه‌ها

Thymus kotschyanus؛ Cluster analysis؛ Principal Coordinate Analysis؛ Genetic Diversity

اصل مقاله

مقدمه

آویشن با نام علمی Thymus kotschyanus Boiss. & Hohen. از تیره نعناییان (Lamiaceae) گیاهی با ارزش دارویی است که در مناطق کوهستانی می‌روید. هر چند این گیاه در سرتاسر دنیا یافت می‌شود، اما بیشترین تراکم را در نواحی مدیترانه دارد. در بین تمام آویشن‌های موجود در ایران، این گونه بیشترین پراکندگی را دارد (Jamshidi et al.,2006). در ارتفاعات جنوبی البرز در منطقه طالقان با افزایش ارتفاع، جمعیت و تراکم این گونه آویشن افزایش می‌یابد، به حدی که در ارتفاع 2800 متری گیاه غالب است (Habibi et al.,2006). این گونه گیاهی پایا با بوته‌های کوچک در ریشه چوبی، پُر شاخه و منشعب است (Mehrpur et al., 2004). بهترین دما برای جوانه‌زنی این گیاه محدوده 15 تا 30 درجه سانتیگراد است (Bannayan et al., 2006).

مهم‌ترین مسأله در اصلاح گیاهان دارویی، به دست آوردن گیاهی با متابولیت‌های ثانویه مورد نظر است و از آنجا که تفاوت‌های فیتوشیمیایی به طور مستقیم یا غیر مستقیم با تنوع ژنتیکی پیوستگی دارد (Arya et al., 2011) بنابراین، آنالیز تنوع ژنتیکی می‌تواند مبنای گزینش‌های بعدی باشد. گیاه آویشن را می‌توان به راحتی از طریق روش‌های اصلاحی متداول از جمله انتخاب، اصلاح نمود که این امر به دلیل تنوع ژنتیکی وسیع و هیبریداسیون موفق بین گونه‌های مختلف این گیاه است (Ismaili et al., 2013). نشانگرهای DNA بر پایه انگشت‌نگاری می‌تواند گونه‌ها را با میزان کمی از DNA تمیز دهد و بنابراین می‌تواند در استنباط صحیح از روابط فیلوژنتیکی بین آنها کمک کند.

راهکارهای مختلفی برای انگشت‌نگاری DNA نظیر: چندشکلی طولی قطعات تکثیر یافته (Amplified Fragment Length Polymorphism; AFLP)، توالی تکراری ساده (Simple Sequence Repeat; SSR) و چندشکلی DNA تکثیریافته تصادفی (Random Amplified Polymorphic DNA; RAPD) در دسترس است (Lanying et al., 2009). نشانگر RAPD به راحتی چندشکلی مناسب را با مقدار اندکی از DNA نشان می‌دهد (Talebi Bedaf et al.,2011) و می‌تواند در آنالیز تنوع ژنتیکی و روابط بین گونه‌ها استفاده شود. این نشانگر در آنالیز روابط بین نژادهای متعلق به جنس‌های مشابه و تنوع ژنتیکی در تعدادی از گیاهان، به ویژه گیاهان دارویی استفاده شده است (Lanying et al., 2009). اگرچه نشانگر RAPD طبیعتاً غالب است اما راهکارهای مختلفی برای کم کردن اثر غالبیت بر آنالیز تنوع ژنتیکی وجود دارد Lynch and Milligan, 1994)؛ Stewart and Excoffier, 1996). نشانگر RAPD تکرارپذیری اندکی دارد که این مشکل را نیز می‌توان با بهینه کردن شرایط واکنش تاحدودی برطرف کرد (Weising et al., 1995؛ (Szmidt et al., 1996. آنالیز RAPD نیازمند تنها مقدار اندکی از DNA ژنومیک است و می‌تواند سطح بالایی از چندشکلی را تولید کند که این موضوع می‌تواند آنالیز تنوع در گیاهان را راحت‌تر کند (Arya et al., 2011) و اطلاعاتی را فراهم کند که تمایز گونه‌ها و روابط فیلوژنتیک در سطح مولکولی را بتوان تشخیص داد. استفاده از چنین روش‌هایی برای توصیف ژرم‌پلاسم می‌تواند محافظت و کاربرد منابع ژنتیکی گیاهی را تسهیل کند.

پژوهش‌هایی پیرامون اسانس گونه
T. kotschyanusانجام گرفته است و از آن به عنوان یک نشانگر مورفولوژیکی استفاده شده است Mehrpur et al., 2004)؛ (Amiri, 2012. در پژوهشی دیگر اسانس چند جمعیت از گونه T. kotschyanusکه در شرایط مختلف گلخانه و مزرعه کشت شده بودند آزمایش شد که ترکیبات عمده موجود در اسانس آن شامل: تیمول، کارواکرول و پارا سایمن بود (Mehrpur et al., 2004). در تحقیقی دیگر میزان و محتوای اسانس‌های سه گونه T. daenensis،
T. eriocalyx و T. kotschyanus بررسی شد و مقادیر مختلفی از اسانس در این سه گونه یافت شد که این تنوع می‌تواند به چندین علت از جمله آب و هوا و ژنوتیپ نمونه‌ها باشد (Amiri, 2012). برای بالا بردن تنوع ژنتیکی و شناسایی والدین هیبریدهای درون گونه‌ای، مطالعه‌ای در مورد تنوع پلوئیدی سه جمعیت از گونهT. kotschyanus که در شمال و شمال غرب ایران رشد یافته بودند انجام شد؛ در این تحقیق نمونه‌هایی با تعداد کروموزوم برابر و دامنه تغییرات طول کروموزوم یکسان برای ایجاد هیبرید معرفی شد (Mehrpur et al., 2002). همچنین، بررسی تنوع کاریوتیپی سه گونه:T. daenensis، T. kotschyanus و T. vulgarisبررسی شده است که نتایج آن نشان داد که گونهT. kotschyanus دارای دو سطح پلوئیدی x2 و x4 است (Javadi et al., 2009). در تحقیقی دیگر، تنوع سیتوژنتیکی بین 16 توده مختلف از T. daenensis وT. kotschyanus تحلیل شد که تمام نمونه‌هایی که از لحاظ کاریوتیپی کمترین تفاوت را داشتند در یک خوشه قرار گرفتند (Ziaei Nasab et al., 2012).

در گونه T. kotschyanus تنوع ژنتیکی توسط نشانگرهای مولکولی نیز بررسی شده است که از آن جمله تحقیقی است که در آن تنوع ژنتیکی گونه
T. kotschyanus به همراه 14 گونه دیگر آویشن مورد آنالیز قرار گرفت و نتایج نشان داد که این گونه تشابه ژنتیکی بیشتری با گونه T. brachychilusدارد (Sunar et al., 2009).

با توجه به پراکندگی وسیع این گیاه در ایران متأسفانه تاکنون تحقیقات بر پایه نشانگرهای مولکولی (به ویژه نشانگرهای تصادفی RAPD) روی آن انجام نشده است، بنابراین در مطالعه حاضر، تنوع ژنتیکی توده‌های مختلفT. kotschyanusبا استفاده از نشانگر تصادفی محاسبه و روابط ژنتیکی آنها بررسی شده است.

مواد و روش‌ها

تعداد 18 جمعیت از مؤسسه تحقیقات جنگل‌ها و مراتع کشور واقع در کرج جمع‌آوری شد. این نمونه‌ها از شش استان مختلف بودند و به صورت کدهای C1 تا C18 نام‌گذاری شدند. کدهای C1، C2، C9 و C11 مربوط به استان قزوین، کدهای C5، C7، C15 و C18 مربوط به استان آذربایجان غربی، کدهای C3، C4، C6 و C13 مربوط به استان زنجان، کدهای C8، C10 و C17 مربوط به استان کردستان، کد C14 مربوط به تهران و کد C16 متعلق به استان کرمان و کد C12 با مکان جمع‌آوری نامعلوم است (شکل 1).

DNA ژنومیک از برگ‌های پودر شده در ازت مایع با روش Khanuja و همکاران (1999) با اندکی تغییر انجام گرفت. سپس RNase به آن اضافه شد و روی ژل آگاروز 8/0 درصد ارزیابی شد. در تحقیق حاضر، 30 آغازگر RAPD که در مطالعات قبلی Dababneh, 2007)؛ Trindade et al., 2008؛ Sunar et al., 2009) روی گیاه آویشن چندشکلی بالایی نشان داده بودند، انتخاب شد (جدول 1). واکنش PCR در حجم 25 میکرولیتر بر اساس روش Williams و همکاران (1990) انجام شد. شرایط تکثیر PCR برای RAPD شامل واسرشت‌سازی اولیه در دمای 95 درجه سانتیگراد به مدت 5 دقیقه و پس از آن 40 چرخه شامل واسرشت‌سازی در دمای 95 درجه به مدت یک دقیقه، اتصال آغازگر در دمای 40 درجه سانتیگراد به مدت 30 ثانیه و بسط در دمای 72 درجه سانتیگراد به مدت دو دقیقه بود و در پایان چرخه‌ها بسط نهایی در 72 درجه سانتیگراد به مدت 10 دقیقه انجام شد. در انتها، محصولات PCR برای مشاهده روی ژل آگاروز 5/1 درصد الکتروفورز گردید.

شکل 1- مکان‌های جمع‌آوری 18 جمعیت آویشن در ایران

جدول 1- آغازگرهای 10 نوکلئوتیدی برای نشانگر RAPD

توالی آغازگر (5’®3’)	کد مشخصه آغازگر	ردیف	توالی آغازگر (5’®3’)	کد مشخصه آغازگر	ردیف
ACGGCGTATG	E19	16	AGGGGTCTTG	A05	1
AACGGTGACC	E20	17	GTGATCGCAG	A10	2
TGCCGAGCTG	OPA-2	18	GGACTGGAGT	B04	3
CAGCACCCAC	OPA-13	19	TGCTCTGCCC	B06	4
GTTTCGCTCC	OPB-1	20	GTCCACACGG	B06*	5
TGCGCCCTTC	OPB-5	21	GTAGACCCGT	B11	6
GGTGACGCAG	OPB-7	22	GGAGGGTGTT	B15	7
GTCCACACGG	OPB-8	23	GTCGCCGTCA	D03	8
CTGCTGGGAC	OPB-10	24	TGAGCGGACA	D05	9
TCTCAGCTGG	OPH-16	25	GGTCTACACC	D10	10
CACTCTCCTC	OPH-17	26	GGGGTGACGA	D13	11
GAATCGGCCA	OPH-18	27	CATCCGTGCT	D15	12
CTGGGGCTGA	OPI13	28	GGTGCGGGAA	E02	13
AGAGCCGTCA	OPY-7	29	GGTGACTGTG	E16	14
CCGACAAACC	OPZ-10	30	GGACTGCAGA	E18	15

باندهای RAPD بر اساس حضور (1) یا عدم حضور (0) امتیازدهی شدند و هر باند به عنوان یک جایگاه ژنی در نظر گرفته شد (شکل 2). محاسبات با نرم‌افزارهای NTSys PC نسخه 02/2 (Rohlf, 1998) و Darwin نسخه 146/0/5 انجام شد. دندروگرام با روش UPGMA با واحد SAHN توسط نرم‌افزار Darwin ترسیم گردید. محتوای اطلاعات چندشکلی بر اساس فرمول Anderson و همکاران (1993) و شاخص نشانگر بر اساس فرمول Powell و همکاران (1996) محاسبه گردید.

شکل 2- محصول آغازگر b06 روی ژل آگاروز 5/1 درصد. M: نشانگر اندازه مخلوط kb1 و bp100؛ C: شاهد منفی؛ شماره ها بیانگر توده‌ها است.

نتایج

از 30 آغازگر استفاده شده، 29 آغازگر چندشکلی قابل توجهی نشان دادند. این 29 آغازگر از 8 تا 20 قطعه را تولید کردند. تعداد باندهای چندشکل از 4 تا 20 عدد باند متغیر بود و محدوده درصد چندشکلی از 50 درصد (آغازگرهای d13، opb10 و opy18) تا 100 درصد (آغازگرهای b06، d05، opa2، opb5 و opz10) محاسبه گردید (جدول 2). میانگین محتوای اطلاعات چندشکلی آغازگرها برابر با 32/0 برآورد شد که بین 17/0 (آغازگر E16) و 45/0 (آغازگر B11) قرار دارد. بنابراین، آغازگر B11 بهتر از سایر آغازگرهای به کار رفته توانست فاصله ژنتیکی نمونه‌ها را مشخص کند. محاسبه شاخص نشانگر (MI) برای هر کدام از نشانگرهای مورد استفاده نشان داد که بیشترین میزان شاخص نشانگر مربوط به آغازگر B06 (48/7) و کمترین مقدار مربوط به آغازگر OPY18 (88/0) بود. این شاخص نشان داد که آغازگر B06 نسبت به سایر آغازگرها پتانسیل بالاتری در تولید باند بیشتر دارد Anderson et al., 1993)؛ (Powell et al., 1996.

دندوگرام توسط نرم‌افزار داروین با 100 بار نمونه‌برداری راه‌انداز (bootstrap samples) برای تعیین کارآیی روش‌های مورد استفاده، ترسیم شد (شکل 3) و توده‌ها را به چهار گروه اصلی تقسیم نمود. گروه یک شامل 8 توده C1، C2، C9، C10، C12، C13، C14 و C17؛ گروه دو شامل تک توده C16؛ گروه سه شامل هفت توده C3، C4، C5، C6، C7، C8 و C11 و گروه چهارم شامل دو توده C15 و C18 است. بررسی روابط ژنتیکی نمونه‌ها با استفاده از آزمون تجزیه به مؤلفه‌های اصلی انجام شد (شکل 4). با استفاده از این فضای مختصاتی می‌توان موقعیت توده‌ها را نسبت به یکدیگر شناسایی کرد.

نتایج تجزیه مؤلفه‌های اصلی شامل مقادیر ویژه و نسبت واریانس مورد انتظار توسط چهار مؤلفه اول برای هر آغازگر در جدول 3 آورده شده است. چهار مؤلفه اول در کل 58/53 درصد از کل تغییرات را توجیه نمودند، که سهم مؤلفه اول 41/19 درصد و سهم سه مؤلفه بعدی به ترتیب 86/13 درصد، 08/11 درصد و 23/9 درصد بود.

جدول 2- مشخصات چندشکلی آغازگرهای استفاده شده

ردیف	نام آغازگر	میزان اطلاعات چندشکلی	درصد چندشکلی	شاخص نشانگر	ردیف	نام آغازگر	میزان اطلاعات چندشکلی	درصد چندشکلی	شاخص نشانگر
1	Bo4	23/0	83	43/3	16	OPA2	35/0	100	20/4
2	B06*	37/0	83	52/5	17	OPA8	26/0	90	57/2
3	B06	44/0	100	48/7	18	OPA13	22/0	70	54/1
4	B11	45/0	69	03/4	19	OPB1	27/0	66	67/2
5	B15	34/0	83	36/5	20	OPB5	36/0	100	76/5
6	D03	36/0	52	18/3	21	OPB7	31/0	90	79/2
7	D05	31/0	100	20/6	22	OPB10	29/0	50	03/2
8	D10	30/0	66	78/1	23	OPH16	34/0	88	38/5
9	D13	43/0	50	72/1	24	OPH17	40/0	80	8/4
10	D15	29/0	81	58/2	25	OPH18	34/0	60	04/2
11	E02	38/0	81	38/3	26	OPI13	40/0	81	56/3
12	E16	17/0	60	02/1	27	OPY7	40/0	50	4/2
13	E18	27/0	66	13/2	28	OPY18	22/0	50	88/0
14	E19	29/0	78	16/3	29	OPZ10	37/0	100	92/5
15	E20	26/0	58	80/1

شکل 3- دندوگرام UPGMA، 18 توده T. kotschyanus بر اساس 29 آغازگر RAPD. اعداد روی شاخه‌ها (بوت‌استرپ) با 100 تکرار هستند.

جدول 3- تجزیه مؤلفه‌های اصلی شامل مقادیر ویژه و واریانس مورد انتظار

مؤلفه اصلی	مقادیر ویژه	واریانس مورد انتظار
اول	62/1	41/19
دوم	97/0	86/13
سوم	95/0	08/11
چهارم	93/0	23/9
سهم تجمعی	--------	58/53

شکل 4- نمودار دو بعدی مربوط پراکندگی توده‌های T. kotschyanusبا استفاده از آزمون تجزیه به مؤلفه‌های اصلی

بحث و نتیجه‌گیری

روش RAPD، روشی معمول و مناسب برای مطالعات ژنتیکی است. همچنین یک فرآیند آسان و راحت برای کشف تنوع ژنتیکی کل، درون و بین جمعیت‌ها است. روش RAPD با موفقیت در مطالعات تنوع ژنتیکی و تفاوت‌های رده‌بندی استفاده شده است Vyas et al., 2009)؛ (Ahmad et al., 2010. سادگی روش RAPD کاربرد آن را برای بررسی روابط خویشاوندی بین جنس‌ها آسان می‌کند (Demeke et al., 1992؛ (Wilikie et al., 1993. یکی از معایب عمده این روش ایجاد باندهایی با مهاجرت یکسان است که از نظر منشأ ژنومی یکسان نیستند. با وجود این محدودیت، نشانگرهای RAPD دارای مزایای زیادی هستند از جمله این که سرتاسر ژنوم را کاوش می‌کند؛ از این رو، مطالعات فیلوژنتیک فراوانی در سطح گونه انجام گرفته است Wilikie et al., 1993)؛ Nair et al., 1999). در پژوهش حاضر، گونه T. kotschyanusدرصد بالایی از چندشکلی ژنتیکی (57/77 درصد) را نشان داد که این درصد کمتر از درصدی بود که در تحقیقی بر T. caespititius(97 درصد) به دست آمده بود (Trindade et al., 2008). مطالعه حاضر نشان داد که RAPD اطلاعات مفید و کافی در رابطه با آزمون تنوع ژنتیکی توده‌های طبیعی T. kotschyanus فراهم می‌کند. بنابراین، نشانگرهای RAPD ابزاری سودمند در ارزیابی و حفاظت از ژرم‌پلاسم هستند. تنوع ژنتیکی ارتباط نزدیکی با پراکنش جغرافیایی آنها دارد. گونه‌هایی با منطقه جغرافیایی وسیع عموماً تنوع ژنتیکی بیشتری نشان می‌دهند (Wilikie et al., 1993). آنالیز RAPD تنوع ژنتیکی بالایی را در توده‌های رشد کرده در محیط‌های مختلف و تنوع کمتری را در توده‌های رشد کرده در مناطق مشابه نشان داد.

همان طور که در شکل3 دیده می‌شود، نمونه‌های موجود در خوشه‌ اول (با ارزش بوت‌استرپ 86 درصد) دارای قرابت‌های جغرافیایی نیز هستند به طوری که تمام نمونه‌های این گروه از ارتفاعات 1600 متر به بالا جمع‌آوری شده‌اند؛ بیشترین شباهت مربوط به دو نمونه C1 و C2 است که هر دو از مناطقی با اکولوژی یکسان از استان قزوین هستند. مطابقت تنوع ژنتیکی با تنوع جغرافیایی در بسیاری از مطالعات روی سایر گیاهان گزارش شده است Alpert et al., 1993)؛ Botanga et al., 2002؛ (Yang et al., 2007. خوشه‌ دوم تنها شامل تک نمونه‌ای از استان کرمان بود که دور بودن این نمونه از مرکز تنوع گونه T. kotschyanus در ایران که عمدتاً در شمال، شمال غرب و غرب است (Javadi et al., 2009) می‌تواند دلیلی بر جدا افتادن این نمونه باشد، همچنین دگرگشنی بالایی که در جنس آویشن گزارش شده است (تا 80 درصد) (Valdeyron et al., 1977) همراه با نزدیکی به مرکز تنوع گیاه آویشن دنایی (Ghasemi Pirbalouti et al., 2011) می‌تواند دلیلی بر تفاوت‌های ژنتیکی نشان داده شده در این نمونه باشد. گروه سوم شامل نمونه‌هایی بود که بیشترین شباهت اکولوژیکی را با هم داشتند و همگی از مناطق سردسیر هستند. برای مثال، نمونه‌های C3 و C4 هر دو از استان زنجان بوده، از طول و عرض جغرافیایی نسبتاً نزدیک جمع‌آوری شده بودند؛ ارزش بالای بوت‌استرپ (89 درصد) این شاخه دلیل قابل قبولی در خصوص صحت گروه‌بندی این نمونه‌ها بود. گروه چهارم (با ارزش بوت‌استرپ 92 درصد) دارای دو نمونه بود که هر دو از اطراف شهر ارومیه در استان آذربایجان غربی جمع‌آوری شده‌اند، ارتفاع مکان رشد این دو نمونه 1480 و 1500 متر است و دارای اقلیم مشابه است که می‌تواند دلیلی برای هم‌گروه شدن این دو توده باشد.

طی مطالعه تنوع ژنتیکی این گونه، تقسیم نمونه‌ها به چهار گروه که در شکل 3 نشان داده شده است، احتمال اندکی را برای جریان ژنی در میان توده‌هایی که از لحاظ جغرافیایی با هم فاصله دارند قایل می‌شود؛ اما احتمالاً تلاقی ژنتیکی طبیعی و جریان ژنی در بین نمونه‌های نزدیک به هم رخ داده است. از پژوهش حاضر می‌توان چنین استنباط کرد که تنوع ژنتیکی بالا بین توده‌های مجاور به احتمال قوی ناشی از معرفی مصنوعی مواد ژنتیکی توسط بشر بوده است و ناشی از تفاوت‌های ژنتیکی ژنوم آنها نیست.

نشانگر RAPD، یک نشانگر چند جایگاهی با تکنولوژی سریع و ساده است که به طور موفقیت‌آمیزی در تعیین تنوع ژنتیکی درون گونه‌ای چندین گونه گیاهی به کار رفته است Gupta et al., 2010)؛ Malviya and Yadav, 2010). محاسبه PIC بر اساس این احتمال که دو ژنوتیپ نامربوط تکثیر شده از جمعیت مورد آزمون در گروه‌های متفاوتی قرار می‌گیرند، انجام شد. مقادیر PIC درجه چندشکلی نشانگر است که اساساً نسبت افرادی است که برای نشانگر هتروزیگوت هستند. شاخص PIC یک مقیاس مناسب از هتروزیگوتی است و مقدار بالای PIC نشان‌دهنده هتروزیگوتی زیاد است که به نوبه خود بیانگر درجه بالای چندشکلی است (Mba and Tohme, 2005). در بررسی حاضر، محدوده مناسب مقادیر PIC به دست آمد که نشان دهنده تنوع ژنتیکی قابل توجهی در میان توده‌های T. kotschyanus است.

نتایج حاصل از تجزیه خوشه‌ای و تجزیه مؤلفه‌های اصلی در بررسی تنوع ژنتیکی با استفاده از داده‌های مولکولی نشان داده است که در حالت ادغام منابع ژرم‌پلاسمی الگوی تنوع ژنتیکی حالت طبقه‌ای نداشته و استفاده از الگوریتم‌های تجزیه خوشه‌ای دارای محدودیت در گروه‌بندی این مواد ژنتیکی هستند. بنابراین، در چنین مواردی تجزیه به مؤلفه‌های اصلی و سایر روش‌های مرتبط می‌تواند روشی جایگزین برای گروه‌بندی افراد باشند (Mohammadi and Prasanna, 2003). با مقایسه فواصل فضایی در آزمون تجزیه مؤلفه‌های اصلی و فواصل ژنتیکی در روش تجزیه خوشه‌ای، مشاهده شد که هر دو روش، توده‌ها را به طور مشابهی از هم تفکیک کرده‌اند. با توجه به مقادیر جدول 3 و این که چهار مؤلفه اول تنها 05/33 درصد از تنوع را توجیه کرده‌اند، مشخص می‌شود که تنوع در سطح وسیعی از ژنوم نمونه‌ها وجود دارد و تنها به یک بخش ژنوم اختصاص ندارد. این موضوع می‌تواند مزیتی برای نشانگر RAPD باشد، زیرا این نشانگر در سرتاسر ژنوم پخش شده است.

شناسایی تنوع ژنتیکی درون جمعیتی یک پیش شرط برای آنالیز تنوع ژنتیکی کل است. مشاهدات و تفاسیر تحقیق حاضر می‌تواند به عنوان یک تحلیل اکتشافی اولیه جالب توجه باشد. یافته‌های موجود می‌تواند نقطه قوتی برای توسعه دادن حوزه و اندازه مجموعه مناطق پراکنش T. kotschyanus جهت دریافت کمّیت تنوع ژنتیکی موجود در گونه‌ها در سطح مولکولی باشد. پژوهش حاضر نخستین گزارش از توصیف ژنوتیپ‌های T. kotschyanus موجود در ایران با آغازگرهای تجاری قابل دسترس است. توانایی روش‌های مولکولی بر پایه الگوهای RAPD به منظور تشریح روابط ژنوتیپ‌ها در این تحقیق نشان داده شد.

سپاسگزاری

از مؤسسه جنگلها و مراتع کشور به خاطر در اختیار گذاردن برخی نمونه‌های گیاهی قدردانی می‌شود.

مراجع

منابع

Ahmad, G., Kudesia, R. and Srivastava, M. K. (2010) Evaluation of genetic diversity in pea (Pisum sativum) using RAPD analysis. Genetic Engineering and Biotechnology Journal 16: 34-45.

Alpert, P., Lumaret, R. and Digiusto, F. (1993) Population structure inferred from allozyme analysis in the clonal herb, Fragaria chiloensis (Rosaceae). American Journal Botanic 80:1002-1006.

Amiri, H. (2012) Essential oils composition and antioxidant properties of three Thymus species. Evidence-Based Complementary and Alternative Medicine 10: 1-8.

Anderson, J. A., Church, J. E., Autrique, S. D., Thanksley, S. and Sorrells, M. E. (1993) Optimizing parental selection for genetic linkage map. Genome 36(1): 181-188.

Arya, V., Yadav, S. and Yadav, J. P. (2011) Intra-specific genetic diversity of different accessions of cassia occidentalis by RAPD markers. Genetic Engineering and Biotechnology Journal 22: 1-8.

Bannayan, M., Nadjafi, F., Rastgoo M. and Tabrizi, L. (2006) Germination properties of some wild medicinal plants from Iran. Journal of Seed Technology 28: 80-86.

Botanga, C. J., Kling, J. G., Bemer, D. K. and Timko, M. P. (2002) Genetic variability of striga asiatica (L.) kuntz based on AFLP analysis and host parasite interaction. Euphytica 128: 375-388.

Dababneh, B. F. (2007) Antimicrobial activity and genetic diversity of Thymus species on pathogenic microorganisms. Journal of Food, Agriculture and Environment 5(3): 158-162.

Demeke, T., Adams, R. P. and Chibber, R. (1992) Potential taxonomic use of random amplified polymorphic DNA- a case study in Brassica. Theoretical and Applied Genetics 84: 990-994.

Ghasemi Pirbalouti, A., Karimi, A., Yousefi, M., Enteshari, S. and Golparvar, A. R. (2011) Diversity of Thymus daenensis Celak in Central and West of Iran. Journal of Medicinal Plants Research 5(4): 319-323.

Gupta, R., Verma, K., Joshi, D. C., Yadav, D. and Singh, M. (2010) Assessment of genetic relatedness among three varieties of finger millet with variable seed coat color using RAPD and ISSR markers. Genetic Engineering and Biotechnology Journal 2: 12-24.

Habibi, H., Mazaheri, D., Majnoon Hosseini, N., Chaeechi, M. R., Fakhr-Tabatabaee, M. and Bigdeli, M. (2006) Effect of altitude on essential oil and components in wild thyme (Thymus kotschyanus Boiss.) Taleghan region. Journal of Pajouhesh and Sazandegi 73: 2-10 (in Persian).

Ismaili, A., Mojiri, F. and Hosseini, S. Z. (2013) Use of intron-exonic marker in assessment of genetic diversity of two subspecies of Thymus daenensis. Taxonomy and Biosystematics 5(16): 41-54 (in Persian).

Jamshidi, A. M., Aminzadeh, M., Azarnivand, H. and Abedi, M. (2006) Impact on the quantity and quality of high mountain Thyme essential oil (case study Damavand region, Lake sub watershed tar). Journal of Medicinal Plants 5(18): 17-22 (in Persian).

Javadi, H., Hesamzadeh Hejazi, S. M. and Babayev, M. S. H. (2009) Karyotypic studies of three Thymus (Lamiaceae) species and populations in Iran. Caryologia 62(4): 316-325.

Khanuja, S. P. S., Ajit, K., Darokar, M. P. S. and Sushilk, K. (1999) Rapid isolation of DNA dry and fresh samples of plants producing large amounts of secondary metabolites and essential oils. Plant Molecular Biology Reporter 17: 1-7.

Lanying, Z., Yongqing, W. and Zhang, L. (2009) Genetic diversity and relationship of 43 Rhododendron sp. based on RAPD analysis. Botany Research International 2(1): 1-6.

Lynch, M. and Milligan, B. G. (1994) Analysis of population genetic structure with RAPD markers. Molecular Ecology 3: 91-99.

Malviya, N. and Yadav, D. (2010) RAPD analysis among pigeon pea [Cajanus cajan (L.) Mill sp.] cultivars for their genetic diversity. Genetic Engineering and Biotechnology Journal 1: 29-45.

Mehrpur, S. H., Mirzaie-Nodoushan, H., Majd, A. and Sefidkon, F. (2002) Karyotypic studies of two Thymus species. Cytologia 67: 343-346.

Mehrpur, S. H., Sefidkon, F., Mirzaie-Nodoushan, H. and Majd, A. (2004) Comparison of essential oils of four Thymus kotschyanus populations in greenhouse and field cultivation. Iranian Journal of Medicinal and Aromatic Plants Research 20(2): 159-169.

Mohammadi, S. A. and Prasanna, B. M. (2003) Analysis of genetic diversity in crop plants- salient statistical tools and considerations. Crop Science 43: 1235-1248.

Nair, N. V., Nair, S., Sreenivasan, T. V. and Mohan, M. (1999) Analysis of genetic diversity and phylogeny in Saccharum and related genera using RAPD markers. Genetic Resources and Crop Evolution 46: 73-79.

Powell, W., Machray, G. C. and Provan, J. (1996) Polymorphism revealed by simple sequence repeats. Trends in Plant Science 1: 215-222.

Rohlf, F. J. (1998) NTSYS-PC Numerical taxonomy and multivariate analysis system. version 2.02e. EXETER Software, Setauket.

Stewart, C. N. and Excoffier, L. (1996) Assessing population genetic structure and variability with RAPD data: application to Vaccinium macrocarpon. Journal of Evolutionary Biology 9: 153-171.

Sunar, S., Aksakal, O., Yildirim, N., Agar, G., Gulluce, M. and Sahin, F. (2009) Genetic diversity and relationships detected by FAME and RAPD analysis among Thymus species growing in eastern Anatolia region of Turkey. Romanian Biotechnological Letters 14(2): 4313-4318.

Szmidt, A. E. Wang, X. and Liu, M. (1996) Empirical assessment of allozyme and RAPD variation in Pinus sylvestris L. using haploid tissue analysis. Heredity 76: 412-1120.

Talebi Bedaf, M., Bahar, M., Sharifnabi, B. and Yamchi, A. (2011) Evaluation of genetic diversity among Iranian pomegranate (Punica granatum L.) cultivars, using ISSR and RAPD markers. Taxonomy and Biosystematics 3(8): 35-44 (in Persian).

Trindade, H., Costa, M. M., Pedro, L. G., Figueiredo, A. C. and Barroso, J. G. (2008) Genetic diversity and chemical polymorphism of Thymus caespititius from Pico, SaoJorage and Terceira islands (Azores). Biochemical Systematics and Ecology 36: 190-197.

Valdeyron, O., Dommee, B. and Vernet, P. H. (1977) Selffertilization in male fertile plants of a gynodioecious species: Thymus vulgaris L. Heredity 2: 243-249.

Vyas, G. K., Sharma, R., Kumar, V., Sharma, T. B. and Khandelwal, V. (2009) Diversity analysis of Capparis decidua (Forssk.) Edgew. using biochemical and molecular parameters. Genetic Resources and Crop Evolution 56: 905-911.

Weising, K., Nybonn, H., Wolff, K. and Meyer, W. (1995) DNA fingerprinting in plants and fungi. SCR Press, Boca Raton.

Wilikie, S. E., Issac, P. G. and Slater, R. J. (1993) Random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers for genetic analysis in Allium. Theoretical and Applied Genetics 87: 668-672.

Williams, J. G. K., Kubelik, A. R., Livak, K. J., Rafalski, J. A. and Tingey, S. V. (1990) DNA polymorphism amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers. Nucleic Acids Research 18: 6531-6535.

Yang, J., Qian, Z. Q., Liu, Z. L., Li, S., Sun, G. L. and Zhao, G. F. (2007) Genetic diversity and geographical differentiation of Dipteronia Olive. (Aceraseae) endemic to china as revealed by AFLP analysis. Biochemical Systematics and Ecology 35: 593-599.

Ziaei Nasab, M., Hesamzadeh Hejazi, S. M., Bihamta, M. R., Mirza, M. and Naderi-Shahab, M. A. (2012) Assessment of karyotypical variation among 16 populations of Thymus daenensis Celak and Thymus kotschyanus Boiss. species in Iran. African Journal of Biotechnology 11(5):1028-1036.

Mba, C. and Tohme, J. (2005) Use of AFLP markers in surveys of plant diversity. In: Methods in enzymology, molecular evolution- producing the biochemical data (Eds. Zimmer, E. A. and Roalson, E. H.) 395: 177-201. Elsevier Academic Press, New York.

آمار

تعداد مشاهده مقاله: 1,286

تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 711

سامانه مدیریت نشریات علمی. طراحی و پیاده سازی از سیناوب

پیوندهای مفید

اخبار و اعلانات

آمار

Genetic diversity of different accessions of Thymus kotschyanus using RAPD marker